Palier 1 • Identité NCBI
🦠 NCBI TAXID #112234 • SPECIES • Bacteria
🔎 NCBI Certificate #112234
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Chryseobacterium joostei Chryseobacterium joostei Hugo et al. 2003
🌍 Dairy-specific psychrotrophic yellow-orange spot (flexirubin), putrid odor and caseolysis agent ; Agent laitier psychrotrophe des taches jaune-orangé (flexirubine), d'odeur putride et de caséolyse
⚡ 3 active Index-Experts™ pole(s) (O(1) routing) • 🧀 0 linked cheese matrix/matrices • 🧊 1 3D structure(s) RCSB PDB / EBI SIFTS
🌳 Phylogenetic Lineage & Associated Cheese Matrices
Palier 2 • Fromager & Sommelier
Bacteroidota (phylum)
› Flavobacteriia (class)
› Flavobacteriales (order)
› Weeksellaceae (family)
› Chryseobacterium (genus)
🧫 Isolation Substrates, Biological Hosts & Cellar Ecology (NCBI Host)
Palier 3 • Praticien & Affineur
Laits crus réfrigérés, pâtes filées (Mozzarella), fromages frais et pâtes molles à croûte humide
INDEX-EXPERT™ #01 • Tyrodexia™ Architecture
Palier 5
Synonyms and historical names (NCBI)
🔎 SQLite Proof
| Nomenclature concordance (NCBI) | Chryseobacterium joostei (Chryseobacterium joostei Hugo et al. 2003) |
|---|---|
| Historical synonyms & basionyms | Dairy-specific psychrotrophic yellow-orange spot (flexirubin), putrid odor and caseolysis agent ; Agent laitier psychrotrophe des taches jaune-orangé (flexirubine), d'odeur putride et de caséolyse • Bacteria |
| Taxonomic authority & reference strains | Chryseobacterium joostei Hugo et al. 2003 |
| Official sources & reference book | TaxID:112234 • Le grand dictionnaire du microbiome des fromages (https://www.tyrodexia.com/index.html#ouvrage) |
| Lineage & phylogenomic justification | Bacteroidota (phylum) › Flavobacteriia (class) › Flavobacteriales (order) › Weeksellaceae (family) › Chryseobacterium (genus) |
| PubMed taxonomic references | PMID:12656160 🔎 • DOI:10.1099/ijs.0.02232-0 🔎 |
INDEX-EXPERT™ #06 • Tyrodexia™ Architecture
Palier 3
Symptoms and manufacturing defects
🔎 SQLite Proof
| Vigilance category & defect diagnosis | Agent laitier psychrotrophe des taches jaune-orangé (flexirubine), d'odeur putride et de caséolyse • Colonies et taches muqueuses jaune vif à orangé foncé (virant au rouge-brun au contact alcalin), odeur fruitée puis putride/soufrée et amertume intense |
|---|---|
| Spoilage metabolites & taxonomic lineage | Synthèse de pigments polyéniques de type flexirubine, sécrétion de métalloprotéases extracellulaires thermostables et production d'indole et d'acides gras volatils |
| Documented substrates & historical synonyms | Élimination des biofilms dans les installations de traite et tanks réfrigérés, traitement de l'eau d'atelier et acidification rapide sous pH 5.2 • Psychrotrophie (croissance active à 4-7 °C), biofilms dans les tanks à lait et circuits d'eau, pH supérieur à 5.3 |
| Official sources & reference book | TaxID:112234 • Le manuel clinique des pathologies laitières et fromagères (https://www.tyrodexia.com/index.html#collection) |
| Reference strain collections | DSM 16927, ATCC BAA-860, LMG 18212, CIP 107962 |
| Operator safety & PubMed references | PMID:12656160 🔎 • DOI:10.1099/ijs.0.02232-0 🔎 |
INDEX-EXPERT™ #08 • Tyrodexia™ Architecture
Palier 4
Pathogens and bioprotection
🔎 SQLite Proof
| Bacteriocins (NPClassifier) & health targets | Dairy-specific psychrotrophic yellow-orange spot (flexirubin), putrid odor and caseolysis agent ; Agent laitier psychrotrophe des taches jaune-orangé (flexirubine), d'odeur putride et de caséolyse • Bacteria |
|---|---|
| Isolation substrates & linked cheese matrices | Laits crus réfrigérés, pâtes filées (Mozzarella), fromages frais et pâtes molles à croûte humide • Bacteroidota (phylum) › Flavobacteriia (class) › Flavobacteriales (order) › Weeksellaceae (family) › Chryseobacterium (genus) |
| Physicochemical barriers (TDM, moisture, NaCl USDA) | Chryseobacterium joostei Hugo et al. 2003 |
| Official sources & reference book | TaxID:112234 • Le manuel clinique des pathologies laitières et fromagères (https://www.tyrodexia.com/index.html#collection) |
| Prophylaxis & PubMed references | PMID:12656160 🔎 • DOI:10.1099/ijs.0.02232-0 🔎 |
⚠️ Cellar Clinical Vigilance & Generic Defects Monitoring (1)
Differential diagnosis of potential defects, biochemical mechanisms and cellar prophylaxis (Tier 3 — Practitioner):
⚠️ Dairy-specific psychrotrophic yellow-orange spot (flexirubin), putrid odor and caseolysis agent
DEFAUT_PIGMENTAIRE_TACHES🔎 Proof
Colonies et taches muqueuses jaune vif à orangé foncé (virant au rouge-brun au contact alcalin), odeur fruitée puis putride/soufrée et amertume int…
🧬 RefSeq Genomics, 3D Structural Biology (EBI SIFTS), Metagenomics (cFMD/FMBN) & PubMed
Palier 5 • Expert Absolu| EBI SIFTS / RCSB PDB 3D Structures | PDB #9GX9 (1 crystallographic structures • CIF) — RCSB PDB 3D ↗ |
|---|---|
| NCBI RefSeq Genomic Assembly | RefSeq: GCA_003815775.1 • Taille: 4.89062 Mb • GC: 35.4673 % • Statut: Complete Genome • BioSample: SAMEA110089171 • BioProject: PRJEB47281 |
| PubMed / DOI Primary Literature | PMID:12656160 🔎 • DOI:10.1099/ijs.0.02232-0 🔎 |