Palier 1 • Identité NCBI
🦠 NCBI TAXID #24 • SPECIES • Bacteria
🔎 NCBI Certificate #24
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Shewanella putrefaciens Alteromonas putrefaciens (ex Derby and Hammer) Lee et al. 1981
🌍 Major psychrotrophic putrid-sulfurous off-odor and pinkish-grey slime defect agent ; Agent psychrotrophe majeur d'odeur putride-sulfureuse et de décoloration rose-grisâtre
⚡ 3 active Index-Experts™ pole(s) (O(1) routing) • 🧀 0 linked cheese matrix/matrices • 🧊 19 3D structure(s) RCSB PDB / EBI SIFTS
🌳 Phylogenetic Lineage & Associated Cheese Matrices
Palier 2 • Fromager & Sommelier
Pseudomonadota (phylum)
› Gammaproteobacteria (class)
› Alteromonadales (order)
› Shewanellaceae (family)
› Shewanella (genus)
🧫 Isolation Substrates, Biological Hosts & Cellar Ecology (NCBI Host)
Palier 3 • Praticien & Affineur
Fromages frais (Cottage cheese, Ricotta), pâtes filées (Mozzarella), pâtes molles à croûte lavée et saumures peu acides
INDEX-EXPERT™ #01 • Tyrodexia™ Architecture
Palier 5
Synonyms and historical names (NCBI)
🔎 SQLite Proof
| Nomenclature concordance (NCBI) | Shewanella putrefaciens ⟷ Alteromonas putrefaciens • Pseudomonas putrefaciens |
|---|---|
| Historical synonyms & basionyms | Major psychrotrophic putrid-sulfurous off-odor and pinkish-grey slime defect agent ; Agent psychrotrophe majeur d'odeur putride-sulfureuse et de décoloration rose-grisâtre • Bacteria |
| Taxonomic authority & reference strains | Alteromonas putrefaciens (ex Derby and Hammer) Lee et al. 1981 |
| Official sources & reference book | TaxID:24 • Le grand dictionnaire du microbiome des fromages (https://www.tyrodexia.com/index.html#ouvrage) |
| Lineage & phylogenomic justification | Pseudomonadota (phylum) › Gammaproteobacteria (class) › Alteromonadales (order) › Shewanellaceae (family) › Shewanella (genus) |
| PubMed taxonomic references | PMID:28624852 🔎 • DOI:10.1016/j.fm.2017.06.004 🔎 |
INDEX-EXPERT™ #06 • Tyrodexia™ Architecture
Palier 3
Symptoms and manufacturing defects
🔎 SQLite Proof
| Vigilance category & defect diagnosis | Agent psychrotrophe majeur d'odeur putride-sulfureuse et de décoloration rose-grisâtre • Odeur fétide d'œuf pourri (H2S), de poisson (triméthylamine) et de fromage transpiré (acide isovalérique), accompagnée d'une glaire rose-saumon à brun-grisâtre |
|---|---|
| Spoilage metabolites & taxonomic lineage | Réduction respiratoire anaérobie facultative du thiosulfate et de la cystéine en H2S, réduction de l'oxyde de triméthylamine (TMAO) en TMA et dégradation de la leucine |
| Documented substrates & historical synonyms | Potabilisation et chloration/UV de l'eau de laiterie, maintien d'un pH inférieur à 5.2 dans les caillés et saumures, maîtrise stricte du froid • Psychrotrophie marquée (croissance dès 0-4 °C), tolérance au sel (jusqu'à 6-8 % NaCl), pH supérieur à 5.5, contamination d'origine hydrique |
| Official sources & reference book | TaxID:24 • Le manuel clinique des pathologies laitières et fromagères (https://www.tyrodexia.com/index.html#collection) |
| Reference strain collections | DSM 6067, ATCC 8071, NCTC 12960, CIP 80.40 |
| Operator safety & PubMed references | PMID:28624852 🔎 • DOI:10.1016/j.fm.2017.06.004 🔎 |
INDEX-EXPERT™ #08 • Tyrodexia™ Architecture
Palier 4
Pathogens and bioprotection
🔎 SQLite Proof
| Bacteriocins (NPClassifier) & health targets | Major psychrotrophic putrid-sulfurous off-odor and pinkish-grey slime defect agent ; Agent psychrotrophe majeur d'odeur putride-sulfureuse et de décoloration rose-grisâtre • Bacteria |
|---|---|
| Isolation substrates & linked cheese matrices | Fromages frais (Cottage cheese, Ricotta), pâtes filées (Mozzarella), pâtes molles à croûte lavée et saumures peu acides • Pseudomonadota (phylum) › Gammaproteobacteria (class) › Alteromonadales (order) › Shewanellaceae (family) › Shewanella (genus) |
| Physicochemical barriers (TDM, moisture, NaCl USDA) | Alteromonas putrefaciens (ex Derby and Hammer) Lee et al. 1981 • Alteromonas putrefaciens • Pseudomonas putrefaciens |
| Official sources & reference book | TaxID:24 • Le manuel clinique des pathologies laitières et fromagères (https://www.tyrodexia.com/index.html#collection) |
| Prophylaxis & PubMed references | PMID:28624852 🔎 • DOI:10.1016/j.fm.2017.06.004 🔎 |
⚠️ Cellar Clinical Vigilance & Generic Defects Monitoring (1)
Differential diagnosis of potential defects, biochemical mechanisms and cellar prophylaxis (Tier 3 — Practitioner):
⚠️ Major psychrotrophic putrid-sulfurous off-odor and pinkish-grey slime defect agent
ALTERATION_GUSTATIVE_AROME🔎 Proof
Odeur fétide d'œuf pourri (H2S), de poisson (triméthylamine) et de fromage transpiré (acide isovalérique), accompagnée d'une glaire rose-saumon à b…
🏛️ Global Culture Collections (DSM / ATCC / CBS), NCBI Synonyms, Strains & FAO DAD-IS Breeds
Palier 4 • Institutionnel & Microbiologiste| NCBI Synonyms & Basionyms | Alteromonas putrefaciens • Pseudomonas putrefaciens |
|---|
🔬 Subordinate strains and subspecies qualified in Tyrodexia™ (2) :
🧬 RefSeq Genomics, 3D Structural Biology (EBI SIFTS), Metagenomics (cFMD/FMBN) & PubMed
Palier 5 • Expert Absolu| EBI SIFTS / RCSB PDB 3D Structures | PDB #1J6Q (19 crystallographic structures • CIF) — RCSB PDB 3D ↗ |
|---|---|
| NCBI RefSeq Genomic Assembly | RefSeq: GCA_016406325.1 • Taille: 4.38633 Mb • GC: 44.4 % • Statut: Complete Genome • BioSample: SAMEA111463821 • BioProject: PRJEB56269 |
| PubMed / DOI Primary Literature | PMID:28624852 🔎 • DOI:10.1016/j.fm.2017.06.004 🔎 |