Palier 1 • Identité NCBI
🦠 NCBI TAXID #253 • SPECIES • Bacteria
🔎 NCBI Certificate #253
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Chryseobacterium indologenes Chryseobacterium indologenes (Yabuuchi et al. 1983) Vandamme et al. 1994 emend. Montero-Calasanz et al. 2013
🌍 Psychrotrophic yellow-orange spot (flexirubin) and bitter proteolysis agent ; Agent psychrotrophe des taches jaunes-orangées (flexirubine) et d'amertume caséolytique
⚡ 3 active Index-Experts™ pole(s) (O(1) routing) • 🧀 0 linked cheese matrix/matrices • 🧊 2 3D structure(s) RCSB PDB / EBI SIFTS
🌳 Phylogenetic Lineage & Associated Cheese Matrices
Palier 2 • Fromager & Sommelier
Bacteroidota (phylum)
› Flavobacteriia (class)
› Flavobacteriales (order)
› Weeksellaceae (family)
› Chryseobacterium (genus)
🧫 Isolation Substrates, Biological Hosts & Cellar Ecology (NCBI Host)
Palier 3 • Praticien & Affineur
Pâtes filées (Mozzarella, Burrata), fromages frais, caillés doux et pâtes molles humides
INDEX-EXPERT™ #01 • Tyrodexia™ Architecture
Palier 5
Synonyms and historical names (NCBI)
🔎 SQLite Proof
| Nomenclature concordance (NCBI) | Chryseobacterium indologenes ⟷ Chryseobacterium indologenes (Yabuuchi et al. 1983) Vandamme et al. 1994 • Flavobacterium indologenes |
|---|---|
| Historical synonyms & basionyms | Psychrotrophic yellow-orange spot (flexirubin) and bitter proteolysis agent ; Agent psychrotrophe des taches jaunes-orangées (flexirubine) et d'amertume caséolytique • Bacteria |
| Taxonomic authority & reference strains | Chryseobacterium indologenes (Yabuuchi et al. 1983) Vandamme et al. 1994 emend. Montero-Calasanz et al. 2013 |
| Official sources & reference book | TaxID:253 • Le grand dictionnaire du microbiome des fromages (https://www.tyrodexia.com/index.html#ouvrage) |
| Lineage & phylogenomic justification | Bacteroidota (phylum) › Flavobacteriia (class) › Flavobacteriales (order) › Weeksellaceae (family) › Chryseobacterium (genus) |
| PubMed taxonomic references | PMID:28624852 🔎 • DOI:10.1016/j.fm.2017.06.004 🔎 |
INDEX-EXPERT™ #06 • Tyrodexia™ Architecture
Palier 3
Symptoms and manufacturing defects
🔎 SQLite Proof
| Vigilance category & defect diagnosis | Agent psychrotrophe des taches jaunes-orangées (flexirubine) et d'amertume caséolytique • Taches et colonies visqueuses jaune vif à orangé-brunâtre en surface du fromage (virant au rouge-brun en milieu alcalin), amertume et odeur d'indole |
|---|---|
| Spoilage metabolites & taxonomic lineage | Biosynthèse de pigments polyéniques arylés non caroténoïdes (flexirubine), production d'indole par la tryptophanase et sécrétion de métalloprotéases thermostables |
| Documented substrates & historical synonyms | Potabilisation et traitement UV/filtration de l'eau de process, élimination des biofilms dans les échangeurs et tanks, acidification < pH 5.2 • Psychrotrophie (croissance dès 4 °C), contamination par l'eau de refroidissement/filage ou les biofilms laitiers, pH > 5.3 |
| Official sources & reference book | TaxID:253 • Le manuel clinique des pathologies laitières et fromagères (https://www.tyrodexia.com/index.html#collection) |
| Reference strain collections | DSM 16777, ATCC 29897, CCUG 14483, CIP 101026 |
| Operator safety & PubMed references | PMID:28624852 🔎 • DOI:10.1016/j.fm.2017.06.004 🔎 |
INDEX-EXPERT™ #08 • Tyrodexia™ Architecture
Palier 4
Pathogens and bioprotection
🔎 SQLite Proof
| Bacteriocins (NPClassifier) & health targets | Psychrotrophic yellow-orange spot (flexirubin) and bitter proteolysis agent ; Agent psychrotrophe des taches jaunes-orangées (flexirubine) et d'amertume caséolytique • Bacteria |
|---|---|
| Isolation substrates & linked cheese matrices | Pâtes filées (Mozzarella, Burrata), fromages frais, caillés doux et pâtes molles humides • Bacteroidota (phylum) › Flavobacteriia (class) › Flavobacteriales (order) › Weeksellaceae (family) › Chryseobacterium (genus) |
| Physicochemical barriers (TDM, moisture, NaCl USDA) | Chryseobacterium indologenes (Yabuuchi et al. 1983) Vandamme et al. 1994 emend. Montero-Calasanz et al. 2013 • Chryseobacterium indologenes (Yabuuchi et al. 1983) Vandamme et al. 1994 • Flavobacterium indologenes |
| Official sources & reference book | TaxID:253 • Le manuel clinique des pathologies laitières et fromagères (https://www.tyrodexia.com/index.html#collection) |
| Prophylaxis & PubMed references | PMID:28624852 🔎 • DOI:10.1016/j.fm.2017.06.004 🔎 |
⚠️ Cellar Clinical Vigilance & Generic Defects Monitoring (1)
Differential diagnosis of potential defects, biochemical mechanisms and cellar prophylaxis (Tier 3 — Practitioner):
⚠️ Psychrotrophic yellow-orange spot (flexirubin) and bitter proteolysis agent
DEFAUT_PIGMENTAIRE_TACHES🔎 Proof
Taches et colonies visqueuses jaune vif à orangé-brunâtre en surface du fromage (virant au rouge-brun en milieu alcalin), amertume et odeur d'indole
🏛️ Global Culture Collections (DSM / ATCC / CBS), NCBI Synonyms, Strains & FAO DAD-IS Breeds
Palier 4 • Institutionnel & Microbiologiste| NCBI Synonyms & Basionyms | Chryseobacterium indologenes (Yabuuchi et al. 1983) Vandamme et al. 1994 • Flavobacterium indologenes |
|---|
🔬 Subordinate strains and subspecies qualified in Tyrodexia™ (1) :
🧬 RefSeq Genomics, 3D Structural Biology (EBI SIFTS), Metagenomics (cFMD/FMBN) & PubMed
Palier 5 • Expert Absolu| EBI SIFTS / RCSB PDB 3D Structures | PDB #3L6N (2 crystallographic structures • CIF) — RCSB PDB 3D ↗ |
|---|---|
| NCBI RefSeq Genomic Assembly | RefSeq: GCA_002025665.1 • Taille: 5.31475 Mb • GC: 35.9 % • Statut: Complete Genome • BioSample: SAMN10838879 • BioProject: PRJNA517586 |
| PubMed / DOI Primary Literature | PMID:28624852 🔎 • DOI:10.1016/j.fm.2017.06.004 🔎 |