Palier 1 • Identité NCBI
🦠 NCBI TAXID #502800 • STRAIN • Bacteria
🔎 NCBI Certificate #502800
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Yersinia pseudotuberculosis YPIII "Bacillus pseudotuberkulosis" (sic) Pfeiffer 1889
🌍 Psychrotrophic zoonotic enteric pseudotuberculosis foodborne pathogen ; Agent pathogène zoonotique psychrotrophe de la pseudotuberculose entérique
⚡ 3 active Index-Experts™ pole(s) (O(1) routing) • 🧀 0 linked cheese matrix/matrices • 🧊 17 3D structure(s) RCSB PDB / EBI SIFTS
🌳 Phylogenetic Lineage & Associated Cheese Matrices
Palier 2 • Fromager & Sommelier
Pseudomonadota (phylum)
› Gammaproteobacteria (class)
› Enterobacterales (order)
› Yersiniaceae (family)
› Yersinia (genus)
🧫 Isolation Substrates, Biological Hosts & Cellar Ecology (NCBI Host)
Palier 3 • Praticien & Affineur
Laits crus réfrigérés, fromages frais, caillés lactiques lents et pâtes molles au lait cru
INDEX-EXPERT™ #01 • Tyrodexia™ Architecture
Palier 5
Synonyms and historical names (NCBI)
🔎 SQLite Proof
| Nomenclature concordance (NCBI) | Yersinia pseudotuberculosis YPIII ⟷ Yersinia pseudotuberculosis strain YPIII • Yersinia pseudotuberculosis str. YPIII |
|---|---|
| Historical synonyms & basionyms | Psychrotrophic zoonotic enteric pseudotuberculosis foodborne pathogen ; Agent pathogène zoonotique psychrotrophe de la pseudotuberculose entérique • Bacteria |
| Taxonomic authority & reference strains | "Bacillus pseudotuberkulosis" (sic) Pfeiffer 1889 |
| Official sources & reference book | TaxID:502800 • Le grand dictionnaire du microbiome des fromages (https://www.tyrodexia.com/index.html#ouvrage) |
| Lineage & phylogenomic justification | Pseudomonadota (phylum) › Gammaproteobacteria (class) › Enterobacterales (order) › Yersiniaceae (family) › Yersinia (genus) |
| PubMed taxonomic references | PMID:25636912 🔎 • DOI:10.3168/jds.2014-8796 🔎 |
INDEX-EXPERT™ #06 • Tyrodexia™ Architecture
Palier 3
Symptoms and manufacturing defects
🔎 SQLite Proof
| Vigilance category & defect diagnosis | Agent pathogène zoonotique psychrotrophe de la pseudotuberculose entérique • Aucune altération organoleptique détectable du fromage ; iléite terminale, adénite mésentérique pseudo-appendiculaire et érythème noueux |
|---|---|
| Spoilage metabolites & taxonomic lineage | Invasion cellulaire médiée par l'invasine chromosomique InvA, le plasmide de virulence pYV (effecteurs Yop) et le superantigène YPM |
| Documented substrates & historical synonyms | Protection des fourrages et de l'eau contre les rongeurs/oiseaux, limitation de la garde du lait cru au froid, pasteurisation ou acidification franche • Psychrotrophie prononcée (multiplication active de 0 à 4 °C), contamination du lait ou de l'eau par la faune sauvage/rongeurs, pH supérieur à 5.0 |
| Official sources & reference book | TaxID:502800 • Le manuel clinique des pathologies laitières et fromagères (https://www.tyrodexia.com/index.html#collection) |
| Reference strain collections | DSM 8992, ATCC 29833, NCTC 10275, CIP 55.85 |
| Operator safety & PubMed references | PMID:25636912 🔎 • DOI:10.3168/jds.2014-8796 🔎 |
INDEX-EXPERT™ #08 • Tyrodexia™ Architecture
Palier 4
Pathogens and bioprotection
🔎 SQLite Proof
| Bacteriocins (NPClassifier) & health targets | Psychrotrophic zoonotic enteric pseudotuberculosis foodborne pathogen ; Agent pathogène zoonotique psychrotrophe de la pseudotuberculose entérique • Bacteria |
|---|---|
| Isolation substrates & linked cheese matrices | Laits crus réfrigérés, fromages frais, caillés lactiques lents et pâtes molles au lait cru • Pseudomonadota (phylum) › Gammaproteobacteria (class) › Enterobacterales (order) › Yersiniaceae (family) › Yersinia (genus) |
| Physicochemical barriers (TDM, moisture, NaCl USDA) | "Bacillus pseudotuberkulosis" (sic) Pfeiffer 1889 • Yersinia pseudotuberculosis strain YPIII • Yersinia pseudotuberculosis str. YPIII |
| Official sources & reference book | TaxID:502800 • Le manuel clinique des pathologies laitières et fromagères (https://www.tyrodexia.com/index.html#collection) |
| Prophylaxis & PubMed references | PMID:25636912 🔎 • DOI:10.3168/jds.2014-8796 🔎 |
🏛️ Global Culture Collections (DSM / ATCC / CBS), NCBI Synonyms, Strains & FAO DAD-IS Breeds
Palier 4 • Institutionnel & Microbiologiste| NCBI Synonyms & Basionyms | Yersinia pseudotuberculosis strain YPIII • Yersinia pseudotuberculosis str. YPIII |
|---|
🧬 RefSeq Genomics, 3D Structural Biology (EBI SIFTS), Metagenomics (cFMD/FMBN) & PubMed
Palier 5 • Expert Absolu| EBI SIFTS / RCSB PDB 3D Structures | PDB #2XPD (17 crystallographic structures • CIF) — RCSB PDB 3D ↗ |
|---|---|
| NCBI RefSeq Genomic Assembly | RefSeq: GCA_000834375.1 • Taille: 4.68944 Mb • GC: 47.5 % • Statut: Complete Genome • BioSample: SAMN03144706 • BioProject: PRJNA239354 |
| PubMed / DOI Primary Literature | PMID:25636912 🔎 • DOI:10.3168/jds.2014-8796 🔎 |