Palier 1 • Identité NCBI
🦠 NCBI TAXID #51669 • SPECIES • Bacteria
🔎 NCBI Certificate #51669
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Tetragenococcus halophilus Pediococcus halophilus Mees 1934 (Approved Lists 1980)
🌍 Halophilic cheese-brine spoilage and histamine/tyramine accumulation agent ; Agent bactérien halophile des saumures anciennes responsable de trouble et d'histamine/tyramine
⚡ 3 active Index-Experts™ pole(s) (O(1) routing) • 🧀 0 linked cheese matrix/matrices • 🧊 5 3D structure(s) RCSB PDB / EBI SIFTS
🌳 Phylogenetic Lineage & Associated Cheese Matrices
Palier 2 • Fromager & Sommelier
Bacillota (phylum)
› Bacilli (class)
› Lactobacillales (order)
› Enterococcaceae (family)
› Tetragenococcus (genus)
🧫 Isolation Substrates, Biological Hosts & Cellar Ecology (NCBI Host)
Palier 3 • Praticien & Affineur
Saumures de fromagerie anciennes, fromages affinés en saumure (Feta, Domiati) et pâtes pressées saumurées
INDEX-EXPERT™ #01 • Tyrodexia™ Architecture
Palier 5
Synonyms and historical names (NCBI)
🔎 SQLite Proof
| Nomenclature concordance (NCBI) | Tetragenococcus halophilus ⟷ Pediococcus halophilus • Pediococcus soyae • Sarcina hamaguchiae • Tetracocccus No. 1 • Tetragenococcus halophila |
|---|---|
| Historical synonyms & basionyms | Halophilic cheese-brine spoilage and histamine/tyramine accumulation agent ; Agent bactérien halophile des saumures anciennes responsable de trouble et d'histamine/tyramine • Bacteria |
| Taxonomic authority & reference strains | Pediococcus halophilus Mees 1934 (Approved Lists 1980) |
| Official sources & reference book | TaxID:51669 • Le grand dictionnaire du microbiome des fromages (https://www.tyrodexia.com/index.html#ouvrage) |
| Lineage & phylogenomic justification | Bacillota (phylum) › Bacilli (class) › Lactobacillales (order) › Enterococcaceae (family) › Tetragenococcus (genus) |
| PubMed taxonomic references | PMID:19896784 🔎 • DOI:10.1016/j.ijfoodmicro.2009.10.002 🔎 |
INDEX-EXPERT™ #06 • Tyrodexia™ Architecture
Palier 3
Symptoms and manufacturing defects
🔎 SQLite Proof
| Vigilance category & defect diagnosis | Agent bactérien halophile des saumures anciennes responsable de trouble et d'histamine/tyramine • Trouble persistant et dépôt visqueux dans les bacs de saumure, pénétration corticale et accumulation d'histamine et de tyramine dans la croûte et le sous-croûte |
|---|---|
| Spoilage metabolites & taxonomic lineage | Fermentation homolactique halophile des sucres résiduels et décarboxylation enzymatique de l'L-histidine (HDC plasmidique) et de la L-tyrosine en milieu hypersalin |
| Documented substrates & historical synonyms | Clarification par microfiltration ou pasteurisation périodique des saumures, maîtrise de la charge organique azotée des bains et maintien d'un pH voisin de 5.0 • Halophilie marquée (croissance optimale entre 5 et 18 % NaCl, tolérance jusqu'à 25 % NaCl), pH 5.0-7.5, accumulation d'azote soluble dans les bains de salage |
| Official sources & reference book | TaxID:51669 • Le manuel clinique des pathologies laitières et fromagères (https://www.tyrodexia.com/index.html#collection) |
| Reference strain collections | DSM 20339, ATCC 33315, NCIMB 1635, CIP 103247 |
| Operator safety & PubMed references | PMID:19896784 🔎 • DOI:10.1016/j.ijfoodmicro.2009.10.002 🔎 |
INDEX-EXPERT™ #08 • Tyrodexia™ Architecture
Palier 4
Pathogens and bioprotection
🔎 SQLite Proof
| Bacteriocins (NPClassifier) & health targets | Halophilic cheese-brine spoilage and histamine/tyramine accumulation agent ; Agent bactérien halophile des saumures anciennes responsable de trouble et d'histamine/tyramine • Bacteria |
|---|---|
| Isolation substrates & linked cheese matrices | Saumures de fromagerie anciennes, fromages affinés en saumure (Feta, Domiati) et pâtes pressées saumurées • Bacillota (phylum) › Bacilli (class) › Lactobacillales (order) › Enterococcaceae (family) › Tetragenococcus (genus) |
| Physicochemical barriers (TDM, moisture, NaCl USDA) | Pediococcus halophilus Mees 1934 (Approved Lists 1980) • Pediococcus halophilus • Pediococcus soyae • Sarcina hamaguchiae • Tetracocccus No. 1 • Tetragenococcus halophila |
| Official sources & reference book | TaxID:51669 • Le manuel clinique des pathologies laitières et fromagères (https://www.tyrodexia.com/index.html#collection) |
| Prophylaxis & PubMed references | PMID:19896784 🔎 • DOI:10.1016/j.ijfoodmicro.2009.10.002 🔎 |
⚠️ Cellar Clinical Vigilance & Generic Defects Monitoring (2)
Differential diagnosis of potential defects, biochemical mechanisms and cellar prophylaxis (Tier 3 — Practitioner):
⚠️ Halophilic cheese-brine spoilage and histamine
ALTERATION_SAUMURE_HALOPHILE🔎 Proof
Trouble persistant et dépôt visqueux dans les bacs de saumure, pénétration corticale et accumulation d'histamine et de tyramine dans la croûte et l…
⚠️ Tyramine accumulation agent
ALTERATION_SAUMURE_HALOPHILE🔎 Proof
Trouble persistant et dépôt visqueux dans les bacs de saumure, pénétration corticale et accumulation d'histamine et de tyramine dans la croûte et l…
🏛️ Global Culture Collections (DSM / ATCC / CBS), NCBI Synonyms, Strains & FAO DAD-IS Breeds
Palier 4 • Institutionnel & Microbiologiste| NCBI Synonyms & Basionyms | Pediococcus halophilus • Pediococcus soyae • Sarcina hamaguchiae • Tetracocccus No. 1 • Tetragenococcus halophila |
|---|
🔬 Subordinate strains and subspecies qualified in Tyrodexia™ (4) :
🧬 RefSeq Genomics, 3D Structural Biology (EBI SIFTS), Metagenomics (cFMD/FMBN) & PubMed
Palier 5 • Expert Absolu| EBI SIFTS / RCSB PDB 3D Structures | PDB #8XW5 (5 crystallographic structures • CIF) — RCSB PDB 3D ↗ |
|---|---|
| NCBI RefSeq Genomic Assembly | RefSeq: GCA_001712815.1 • Taille: 2.38947 Mb • GC: 36 % • Statut: Complete Genome • BioSample: SAMN23027267 • BioProject: PRJNA764004 |
| PubMed / DOI Primary Literature | PMID:19896784 🔎 • DOI:10.1016/j.ijfoodmicro.2009.10.002 🔎 |
📊 Quantitative Metagenomic Detections (SegataLab/cFMD Cell 2024 & FoodMicrobionet) :