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Palier 1 • Identité NCBI 🦠 NCBI TAXID #569 • SPECIES • Bacteria 🔎 NCBI Certificate #569

Hafnia alvei "Enterobacter aerogenes subsp. hafniae" Ewing 1963

⚡ 9 active Index-Experts™ pole(s) (O(1) routing) • 🧀 9 linked cheese matrix/matrices • 🧊 8 3D structure(s) RCSB PDB / EBI SIFTS

🌳 Phylogenetic Lineage & Associated Cheese Matrices

Palier 2 • Fromager & Sommelier

Pseudomonadota (phylum) › Gammaproteobacteria (class) › Enterobacterales (order) › Hafniaceae (family) › Hafnia (genus)

🧀 Linked cheeses, dairy matrices and designations (9) :

🧀 Blue cheese 🧀 Camemberts 🧀 Camemberts 🧀 Fresh cheeses 🧀 Whey 🧀 Livarot 🧀 Rocamadour 🧀 Sainte-Maure de Touraine 🧀 Selles-sur-Cher

INDEX-EXPERT™ #00 • Tyrodexia™ Cheese Core Palier 1

Master index of cheese starters and ripening cultures

🔎 SQLite Proof

Associated dairy & cheese matrices	Camemberts [en:camemberts], Lactosérum [en:whey], Sainte-Maure de Touraine [en:sainte-maure-de-touraine], Blue cheese [en:blue-cheese], Fromages à pâte fraîche [en:fresh-cheeses], Rocamadour [en:rocamadour], Livarot [en:livarot], Selles-sur-Cher [en:selles-sur-cher]
Paste typology & technological evidence	Entérobactérie bénigne du lait cru synthétisant les composés soufrés volatils (DMDS, DMTS) et esters fruités typiques du Camembert au lait cru ; Microbiote fromager caractérisé (4 éch.) ; Microbiote fromager caractérisé (2 éch.) • Bacteria • Pseudomonadota (phylum) › Gammaproteobacteria (class) › Enterobacterales (order) › Hafniaceae (family) › Hafnia (genus)
Secondary metabolites & reference collections	GCA_011617105.1
Official sources & reference book	TaxID:569 • Tyrodexia Microbiota Authority (ref_liens_fromages_microbiote.csv) • Le grand dictionnaire du microbiome des fromages (https://www.tyrodexia.com/index.html#ouvrage)
Matrix TDM % & FDM %	Taille: 4.77205 Mb • GC: 48.7715 % • "Enterobacter aerogenes subsp. hafniae" Ewing 1963
Predatory bacteriophages & PubMed literature	Phages: Hafnia phage vB_HalM_SPARTY • PMID:24359678 🔎 • DOI:10.1016/j.ijfoodmicro.2013.11.015 🔎

INDEX-EXPERT™ #01 • Tyrodexia™ Architecture Palier 5

Synonyms and historical names (NCBI)

🔎 SQLite Proof

Nomenclature concordance (NCBI)	Hafnia alvei ⟷ Enterobacter aerogenes subsp. hafniae • Enterobacter alvei • Enterobacter hafniae • Hafnia alvei sensu stricto genomosp. 1
Historical synonyms & basionyms	Bacteria
Taxonomic authority & reference strains	"Enterobacter aerogenes subsp. hafniae" Ewing 1963
Official sources & reference book	TaxID:569 • Le grand dictionnaire du microbiome des fromages (https://www.tyrodexia.com/index.html#ouvrage)
Lineage & phylogenomic justification	Pseudomonadota (phylum) › Gammaproteobacteria (class) › Enterobacterales (order) › Hafniaceae (family) › Hafnia (genus)
PubMed taxonomic references	PMID:24359678 🔎 • DOI:10.1016/j.ijfoodmicro.2013.11.015 🔎

INDEX-EXPERT™ #02 • Tyrodexia™ Architecture Palier 2

Ecological origins and habitats

🔎 SQLite Proof

Cheese biotope, terroirs & isolation substrates	Livarot [en:livarot], Rocamadour [en:rocamadour], Selles-sur-Cher [en:selles-sur-cher], Sainte-Maure de Touraine [en:sainte-maure-de-touraine], Camemberts [en:camemberts], Lactosérum / Whey [en:whey], Blue cheese [en:blue-cheese], Fromages à pâte fraîche / Fresh cheeses [en:fresh-cheeses] • France — Calvados — Eure ; France — Lot ; France — Loir-et-Cher ; France — Indre-et-Loire — Vienne ; Portugal — Castelo Branco
Deposited strains & reference collections	Microbiote fromager caractérisé (2 éch.) ; Entérobactérie bénigne du lait cru synthétisant les composés soufrés volatils (DMDS, DMTS) et esters fruités typiques du Camembert au lait cru ; Microbiote fromager caractérisé (4 éch.)
Colonized matrix TDM % & FDM %	Livarot (EST 45.3 %, G/S 23.84 %) ; Rocamadour (EST 45.3 %, G/S 23.84 %) ; Selles-sur-Cher (EST 45.3 %, G/S 23.84 %) ; Sainte-Maure de Touraine (EST 45.3 %, G/S 23.84 %) • Bacteria
Official sources & reference book	TaxID:569 • Le grand dictionnaire du microbiome des fromages (https://www.tyrodexia.com/index.html#ouvrage)
Ecology & PubMed references	PMID:24359678 🔎 • DOI:10.1016/j.ijfoodmicro.2013.11.015 🔎

INDEX-EXPERT™ #04 • Tyrodexia™ Architecture Palier 1

Cheese families and technologies

🔎 SQLite Proof

Technological family & associated appellations	Fromages de vache ; Fromages de France ; Fromages à pâte molle à croûte lavée ; Fromages de chèvre ; Fromages à pâte molle à croûte naturelle • Livarot [en:livarot], Rocamadour [en:rocamadour], Selles-sur-Cher [en:selles-sur-cher], Sainte-Maure de Touraine [en:sainte-maure-de-touraine], Camemberts [en:camemberts], Lactosérum / Whey [en:whey], Blue cheese [en:blue-cheese], Fromages à pâte fraîche / Fresh cheeses [en:fresh-cheeses]
Paste/rind diagram & technological function	Microbiote fromager caractérisé (2 éch.) ; Entérobactérie bénigne du lait cru synthétisant les composés soufrés volatils (DMDS, DMTS) et esters fruités typiques du Camembert au lait cru ; Microbiote fromager caractérisé (4 éch.) • Pseudomonadota (phylum) › Gammaproteobacteria (class) › Enterobacterales (order) › Hafniaceae (family) › Hafnia (genus)
Official sources & reference book	TaxID:569 • Le grand dictionnaire du microbiome des fromages (https://www.tyrodexia.com/index.html#ouvrage)
Total dry matter (TDM %) & Fat in dry matter (FDM %)	Livarot (EST 45.3 %, G/S 23.84 %) ; Rocamadour (EST 45.3 %, G/S 23.84 %) ; Selles-sur-Cher (EST 45.3 %, G/S 23.84 %) ; Sainte-Maure de Touraine (EST 45.3 %, G/S 23.84 %) • Bacteria
Flagship cheeses (PDO / Caseus) & PubMed studies	Livarot (appellation d'origine contrôlée • Appellation d'origine protégée) ; Rocamadour (appellation d'origine contrôlée • Appellation d'origine protégée) ; Selles-sur-Cher (appellation d'origine contrôlée • Appellation d'origine protégée) ; Sainte-Maure de Touraine (appellation d'origine contrôlée • Appellation d'origine protégée) • PMID:24359678 🔎 • DOI:10.1016/j.ijfoodmicro.2013.11.015 🔎

INDEX-EXPERT™ #05 • Tyrodexia™ Architecture Palier 3

Technological markers (pH and gas)

🔎 SQLite Proof

Carbohydrate substrates, residual lactose (USDA) & metabolites	Total lipid (fat) : 10.8 g ; Carbohydrate, by difference : 25 g ; Énergie : 229 kcal ; Eau : 54.7 g • Livarot [en:livarot], Rocamadour [en:rocamadour], Selles-sur-Cher [en:selles-sur-cher], Sainte-Maure de Touraine [en:sainte-maure-de-touraine], Camemberts [en:camemberts], Lactosérum / Whey [en:whey]
Metabolic role & characterized compounds	Microbiote fromager caractérisé (2 éch.) ; Entérobactérie bénigne du lait cru synthétisant les composés soufrés volatils (DMDS, DMTS) et esters fruités typiques du Camembert au lait cru ; Microbiote fromager caractérisé (4 éch.) • Pseudomonadota (phylum) › Gammaproteobacteria (class) › Enterobacterales (order) › Hafniaceae (family) › Hafnia (genus)
Draining, moisture, salting (USDA) & linked matrices	Livarot (EST 45.3 %, NaCl 1.22 g/100g) ; Rocamadour (EST 45.3 %, NaCl 1.22 g/100g) ; Selles-sur-Cher (EST 45.3 %, NaCl 1.22 g/100g) ; Sainte-Maure de Touraine (EST 45.3 %, NaCl 1.22 g/100g) • Livarot [en:livarot], Rocamadour [en:rocamadour], Selles-sur-Cher [en:selles-sur-cher], Sainte-Maure de Touraine [en:sainte-maure-de-touraine], Camemberts [en:camemberts], Lactosérum / Whey [en:whey]
Official sources & reference book	TaxID:569 • Atlas de l'ingénierie fromagère et de la thermodynamique d'affinage (https://www.tyrodexia.com/index.html#collection)
Vat phage monitoring & PubMed references	Phages: Hafnia phage vB_HalM_SPARTY (TaxID:2894718) • PMID:24359678 🔎 • DOI:10.1016/j.ijfoodmicro.2013.11.015 🔎

INDEX-EXPERT™ #08 • Tyrodexia™ Architecture Palier 4

Pathogens and bioprotection

🔎 SQLite Proof

Bacteriocins (NPClassifier) & health targets	Microbiote fromager caractérisé (2 éch.) ; Entérobactérie bénigne du lait cru synthétisant les composés soufrés volatils (DMDS, DMTS) et esters fruités typiques du Camembert au lait cru ; Microbiote fromager caractérisé (4 éch.) • Bacteria
Isolation substrates & linked cheese matrices	Livarot [en:livarot], Rocamadour [en:rocamadour], Selles-sur-Cher [en:selles-sur-cher], Sainte-Maure de Touraine [en:sainte-maure-de-touraine], Camemberts [en:camemberts], Lactosérum / Whey [en:whey], Blue cheese [en:blue-cheese], Fromages à pâte fraîche / Fresh cheeses [en:fresh-cheeses] • Pseudomonadota (phylum) › Gammaproteobacteria (class) › Enterobacterales (order) › Hafniaceae (family) › Hafnia (genus)
Physicochemical barriers (TDM, moisture, NaCl USDA)	Livarot (EST 45.3 %, MNA 61.32 %, NaCl 1.22 g/100g) ; Rocamadour (EST 45.3 %, MNA 61.32 %, NaCl 1.22 g/100g) ; Selles-sur-Cher (EST 45.3 %, MNA 61.32 %, NaCl 1.22 g/100g) ; Sainte-Maure de Touraine (EST 45.3 %, MNA 61.32 %, NaCl 1.22 g/100g) • "Enterobacter aerogenes subsp. hafniae" Ewing 1963 • Enterobacter aerogenes subsp. hafniae • Enterobacter alvei • Enterobacter hafniae • Hafnia alvei sensu stricto genomosp. 1
Official sources & reference book	TaxID:569 • Le manuel clinique des pathologies laitières et fromagères (https://www.tyrodexia.com/index.html#collection)
Prophylaxis & PubMed references	PMID:24359678 🔎 • DOI:10.1016/j.ijfoodmicro.2013.11.015 🔎

INDEX-EXPERT™ #10 • Tyrodexia™ Architecture Palier 1

Terroirs and protected designations (PDO/PGI)

🔎 SQLite Proof

Linked cheeses & dairy basins of origin	Livarot [en:livarot], Rocamadour [en:rocamadour], Selles-sur-Cher [en:selles-sur-cher], Sainte-Maure de Touraine [en:sainte-maure-de-touraine], Camemberts [en:camemberts], Lactosérum / Whey [en:whey], Blue cheese [en:blue-cheese], Fromages à pâte fraîche / Fresh cheeses [en:fresh-cheeses] • France — Calvados — Eure ; France — Lot ; France — Loir-et-Cher ; France — Indre-et-Loire — Vienne ; Portugal — Castelo Branco
Official designations (PDO/PGI) & rinds	Livarot (appellation d'origine contrôlée • Appellation d'origine protégée) ; Rocamadour (appellation d'origine contrôlée • Appellation d'origine protégée) ; Selles-sur-Cher (appellation d'origine contrôlée • Appellation d'origine protégée) ; Sainte-Maure de Touraine (appellation d'origine contrôlée • Appellation d'origine protégée) • Pseudomonadota (phylum) › Gammaproteobacteria (class) › Enterobacterales (order) › Hafniaceae (family) › Hafnia (genus)
Terroir cheesemakers & official awards	"Enterobacter aerogenes subsp. hafniae" Ewing 1963
Official sources & reference book	TaxID:569 • Le grand dictionnaire du microbiome des fromages (https://www.tyrodexia.com/index.html#ouvrage)
Reference collections, BioSample & BioProject	SAMEA114444132 • PRJEB65351
Terroir audit & PubMed references	PMID:24359678 🔎 • DOI:10.1016/j.ijfoodmicro.2013.11.015 🔎

INDEX-EXPERT™ #11 • Tyrodexia™ Architecture Palier 5

Volatilome and aromatic profiles

🔎 SQLite Proof

Bridge aroma compounds (FlavorGraph) & volatiles	trimethylamine ; salicylic acid ; propionic acid ; phenylacetaldehyde ; phenol ; oleic acid ; octanoic acid ; methanethiol • Livarot [en:livarot], Rocamadour [en:rocamadour], Selles-sur-Cher [en:selles-sur-cher], Sainte-Maure de Touraine [en:sainte-maure-de-touraine], Camemberts [en:camemberts], Lactosérum / Whey [en:whey]
Lipid & amino acid aroma precursors (USDA)	Cholestérol : 116 mg ; Fatty acids, total monounsaturated : 4.52 g ; MUFA 18:1 : 4.41 g ; Fatty acids, total saturated : 2.72 g ; Glutamic acid : 1.72 g ; Leucine : 0.621 g ; Proline : 0.588 g • Microbiote fromager caractérisé (2 éch.) ; Entérobactérie bénigne du lait cru synthétisant les composés soufrés volatils (DMDS, DMTS) et esters fruités typiques du Camembert au lait cru ; Microbiote fromager caractérisé (4 éch.) • Pseudomonadota (phylum) › Gammaproteobacteria (class) › Enterobacterales (order) › Hafniaceae (family) › Hafnia (genus)
Gastronomic pairings & sensory affinities	Brioche Bread ; Cointreau Liqueur ; Chicken Liver ; Gin ; Star Anise
Official sources & reference book	TaxID:569 • Le référentiel du volatilome fromager et de la chémo-sensorialité (https://www.tyrodexia.com/index.html#collection)
Aroma kinetics & PubMed studies	PMID:24359678 🔎 • DOI:10.1016/j.ijfoodmicro.2013.11.015 🔎

INDEX-EXPERT™ #14 • Tyrodexia™ Milk Science & Health Palier 4

Bioactive peptidome, functional health and clinical vigilance

🔎 SQLite Proof

Cardioprotective vitamins (USDA) & bioactives	Folate, DFE : 57 µg ; Vitamin A, IU : 503 IU ; Retinol : 118 µg ; Vitamin A, RAE : 124 µg ; Carotene, beta : 66 µg ; Folic acid : 20 µg
Functional amino acids (GABA, Proline USDA)	Glutamic acid : 1.72 g ; Leucine : 0.621 g ; Proline : 0.588 g ; Aspartic acid : 0.578 g ; Serine : 0.465 g ; Valine : 0.419 g • Pseudomonadota (phylum) › Gammaproteobacteria (class) › Enterobacterales (order) › Hafniaceae (family) › Hafnia (genus)
Bioactive fatty acids (CLA, Omega-3) & minerals	Cholestérol : 116 mg ; Fatty acids, total monounsaturated : 4.52 g ; MUFA 18:1 : 4.41 g ; Fatty acids, total saturated : 2.72 g ; Calcium, Ca : 100 mg ; Potassium, K : 134 mg ; Zinc, Zn : 0.67 mg ; Iron, Fe : 1.67 mg • Livarot [en:livarot], Rocamadour [en:rocamadour], Selles-sur-Cher [en:selles-sur-cher], Sainte-Maure de Touraine [en:sainte-maure-de-touraine], Camemberts [en:camemberts], Lactosérum / Whey [en:whey]
Actual lactose extinction & sugars (USDA)	Eau : 54.7 g ; Protein : 7.7 g ; Ash : 1.8 g
Reference collections, authority & synonyms	"Enterobacter aerogenes subsp. hafniae" Ewing 1963 • Enterobacter aerogenes subsp. hafniae • Enterobacter alvei • Enterobacter hafniae • Hafnia alvei sensu stricto genomosp. 1
PubMed scientific literature	PMID:24359678 🔎 • DOI:10.1016/j.ijfoodmicro.2013.11.015 🔎
Official sources & reference book	TaxID:569 • Le manuel clinique des pathologies laitières et fromagères (https://www.tyrodexia.com/index.html#collection)

⚠️ Cellar Clinical Vigilance & Generic Defects Monitoring (2)

Differential diagnosis of potential defects, biochemical mechanisms and cellar prophylaxis (Tier 3 — Practitioner):

⚠️ Excessive sulfurous

ALTERATION_GUSTATIVE_AROME🔎 Proof

Notes aromatiques soufrées excessives (ail, chou bouilli, caoutchouc brûlé), petits trous secondaires sous croûte et pâte ramollie

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⚠️ Garlic aroma and secondary gas agent

ALTERATION_GUSTATIVE_AROME🔎 Proof

Notes aromatiques soufrées excessives (ail, chou bouilli, caoutchouc brûlé), petits trous secondaires sous croûte et pâte ramollie

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🏛️ Global Culture Collections (DSM / ATCC / CBS), NCBI Synonyms, Strains & FAO DAD-IS Breeds

Palier 4 • Institutionnel & Microbiologiste

NCBI Synonyms & Basionyms	Enterobacter aerogenes subsp. hafniae • Enterobacter alvei • Enterobacter hafniae • Hafnia alvei sensu stricto genomosp. 1

🔬 Subordinate strains and subspecies qualified in Tyrodexia™ (3) :

🦠 Hafnia alvei ATCC 13337 #910996 🦠 Hafnia alvei ATCC 51873 #1002364 🦠 Hafnia alvei FB1 #1453496

🧬 RefSeq Genomics, 3D Structural Biology (EBI SIFTS), Metagenomics (cFMD/FMBN) & PubMed

Palier 5 • Expert Absolu

EBI SIFTS / RCSB PDB 3D Structures	PDB #4ARO (8 crystallographic structures • CIF) — RCSB PDB 3D ↗
NCBI RefSeq Genomic Assembly	RefSeq: GCA_011617105.1 • Taille: 4.77205 Mb • GC: 48.7715 % • Statut: Complete Genome • BioSample: SAMEA114444132 • BioProject: PRJEB65351
PubMed / DOI Primary Literature	PMID:24359678 🔎 • DOI:10.1016/j.ijfoodmicro.2013.11.015 🔎

📊 Quantitative Metagenomic Detections (SegataLab/cFMD Cell 2024 & FoodMicrobionet) :

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Official source dump
SQLite relational table
Official primary key