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Palier 1 • Identité NCBI 🦠 NCBI TAXID #633 • SPECIES • Bacteria 🔎 NCBI Certificate #633

Yersinia pseudotuberculosis "Bacillus pseudotuberkulosis" (sic) Pfeiffer 1889

🌍 Psychrotrophic zoonotic enteric pseudotuberculosis foodborne pathogen ; Agent pathogène zoonotique psychrotrophe de la pseudotuberculose entérique

⚡ 3 active Index-Experts™ pole(s) (O(1) routing) • 🧀 0 linked cheese matrix/matrices • 🧊 25 3D structure(s) RCSB PDB / EBI SIFTS

🌳 Phylogenetic Lineage & Associated Cheese Matrices

Palier 2 • Fromager & Sommelier

Pseudomonadota (phylum) › Gammaproteobacteria (class) › Enterobacterales (order) › Yersiniaceae (family) › Yersinia (genus)

Palier 3 • Praticien & Affineur

Laits crus réfrigérés, fromages frais, caillés lactiques lents et pâtes molles au lait cru

INDEX-EXPERT™ #01 • Tyrodexia™ Architecture Palier 5

🔎 SQLite Proof

Nomenclature concordance (NCBI)	Yersinia pseudotuberculosis ⟷ Bacillus pseudotuberkulosis • Bacterium pseudotuberculosis • Pasteurella lymphangitidis • Pasteurella pseudotuberculosis • Shigella pseudotuberculosis
Historical synonyms & basionyms	Psychrotrophic zoonotic enteric pseudotuberculosis foodborne pathogen ; Agent pathogène zoonotique psychrotrophe de la pseudotuberculose entérique • Bacteria
Taxonomic authority & reference strains	"Bacillus pseudotuberkulosis" (sic) Pfeiffer 1889
Official sources & reference book	TaxID:633 • Le grand dictionnaire du microbiome des fromages (https://www.tyrodexia.com/index.html#ouvrage)
Lineage & phylogenomic justification	Pseudomonadota (phylum) › Gammaproteobacteria (class) › Enterobacterales (order) › Yersiniaceae (family) › Yersinia (genus)
PubMed taxonomic references	PMID:25636912 🔎 • DOI:10.3168/jds.2014-8796 🔎

INDEX-EXPERT™ #06 • Tyrodexia™ Architecture Palier 3

🔎 SQLite Proof

Vigilance category & defect diagnosis	Agent pathogène zoonotique psychrotrophe de la pseudotuberculose entérique • Aucune altération organoleptique détectable du fromage ; iléite terminale, adénite mésentérique pseudo-appendiculaire et érythème noueux
Spoilage metabolites & taxonomic lineage	Invasion cellulaire médiée par l'invasine chromosomique InvA, le plasmide de virulence pYV (effecteurs Yop) et le superantigène YPM
Documented substrates & historical synonyms	Protection des fourrages et de l'eau contre les rongeurs/oiseaux, limitation de la garde du lait cru au froid, pasteurisation ou acidification franche • Psychrotrophie prononcée (multiplication active de 0 à 4 °C), contamination du lait ou de l'eau par la faune sauvage/rongeurs, pH supérieur à 5.0
Official sources & reference book	TaxID:633 • Le manuel clinique des pathologies laitières et fromagères (https://www.tyrodexia.com/index.html#collection)
Reference strain collections	DSM 8992, ATCC 29833, NCTC 10275, CIP 55.85
Operator safety & PubMed references	PMID:25636912 🔎 • DOI:10.3168/jds.2014-8796 🔎

INDEX-EXPERT™ #08 • Tyrodexia™ Architecture Palier 4

🔎 SQLite Proof

Bacteriocins (NPClassifier) & health targets	Psychrotrophic zoonotic enteric pseudotuberculosis foodborne pathogen ; Agent pathogène zoonotique psychrotrophe de la pseudotuberculose entérique • Bacteria
Isolation substrates & linked cheese matrices	Laits crus réfrigérés, fromages frais, caillés lactiques lents et pâtes molles au lait cru • Pseudomonadota (phylum) › Gammaproteobacteria (class) › Enterobacterales (order) › Yersiniaceae (family) › Yersinia (genus)
Physicochemical barriers (TDM, moisture, NaCl USDA)	"Bacillus pseudotuberkulosis" (sic) Pfeiffer 1889 • Bacillus pseudotuberkulosis • Bacterium pseudotuberculosis • Pasteurella lymphangitidis • Pasteurella pseudotuberculosis • Shigella pseudotuberculosis
Official sources & reference book	TaxID:633 • Le manuel clinique des pathologies laitières et fromagères (https://www.tyrodexia.com/index.html#collection)
Prophylaxis & PubMed references	PMID:25636912 🔎 • DOI:10.3168/jds.2014-8796 🔎

Differential diagnosis of potential defects, biochemical mechanisms and cellar prophylaxis (Tier 3 — Practitioner):

PATHOGENE_REGLEMENTAIRE_STRICT🔎 Proof

Aucune altération organoleptique détectable du fromage ; iléite terminale, adénite mésentérique pseudo-appendiculaire et érythème noueux

Palier 4 • Institutionnel & Microbiologiste

NCBI Synonyms & Basionyms	Bacillus pseudotuberkulosis • Bacterium pseudotuberculosis • Pasteurella lymphangitidis • Pasteurella pseudotuberculosis • Shigella pseudotuberculosis

🔬 Subordinate strains and subspecies qualified in Tyrodexia™ (13) :

Palier 5 • Expert Absolu

EBI SIFTS / RCSB PDB 3D Structures	PDB #1CWV (25 crystallographic structures • CIF) — RCSB PDB 3D ↗
NCBI RefSeq Genomic Assembly	RefSeq: GCA_900637475.1 • Taille: 4.6102 Mb • GC: 47.5 % • Statut: Complete Genome • BioSample: SAMEA859897 • BioProject: PRJEB2117
PubMed / DOI Primary Literature	PMID:25636912 🔎 • DOI:10.3168/jds.2014-8796 🔎