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Palier 1 • Identité NCBI 🦠 NCBI TAXID #294 • SPECIES • Bacteria 🔎 NCBI Certificate #294

Pseudomonas fluorescens "Bacillus fluorescens liquefaciens" Flugge 1886

🌍 Blue discoloration and fluorescent pigment defect agent ; Agent du défaut de coloration bleue/fluorescente des pâtes fraîches et filées

⚡ 3 active Index-Experts™ pole(s) (O(1) routing) • 🧀 4 linked cheese matrix/matrices • 🧊 25 3D structure(s) RCSB PDB / EBI SIFTS

🌳 Phylogenetic Lineage & Associated Cheese Matrices

Palier 2 • Fromager & Sommelier

Pseudomonadota (phylum) › Gammaproteobacteria (class) › Pseudomonadales (order) › Pseudomonadaceae (family) › Pseudomonas (genus)

🧀 Linked cheeses, dairy matrices and designations (4) :

Palier 3 • Praticien & Affineur

Pâtes filées (Mozzarella, Burrata), fromages frais, pâtes molles humides, Queso Fresco

INDEX-EXPERT™ #01 • Tyrodexia™ Architecture Palier 5

🔎 SQLite Proof

Nomenclature concordance (NCBI)	Pseudomonas fluorescens ⟷ Bacillus fluorescens liquefaciens • Bacillus fluorescens • Bacterium fluorescen • Liquidomonas fluorescens
Historical synonyms & basionyms	Blue discoloration and fluorescent pigment defect agent ; Agent du défaut de coloration bleue/fluorescente des pâtes fraîches et filées • Bacteria
Taxonomic authority & reference strains	"Bacillus fluorescens liquefaciens" Flugge 1886
Official sources & reference book	TaxID:294 • Le grand dictionnaire du microbiome des fromages (https://www.tyrodexia.com/index.html#ouvrage)
Lineage & phylogenomic justification	Pseudomonadota (phylum) › Gammaproteobacteria (class) › Pseudomonadales (order) › Pseudomonadaceae (family) › Pseudomonas (genus)
PubMed taxonomic references	PMID:21854908 🔎 • DOI:10.3168/jds.2011-4313 🔎

INDEX-EXPERT™ #06 • Tyrodexia™ Architecture Palier 3

🔎 SQLite Proof

Vigilance category & defect diagnosis	Agent du défaut de coloration bleue/fluorescente des pâtes fraîches et filées • Taches et marbrures bleu roi, bleu-vert ou jaune-vert fluorescent à la surface du fromage et dans le liquide de couverture, glaire et amertume • Fiore sardo [it:fiore-sardo], Lactosérum [en:whey], Mozzarella [en:mozzarella], Pecorino [en:pecorino]
Spoilage metabolites & taxonomic lineage	Biosynthèse de pigments sidérophores hydrosolubles (pyoverdine fluorescente) et d'indigoidine (pigment bipyridyle bleu insoluble) sous stress oxydatif
Documented substrates & historical synonyms	Traitement UV, filtration stérilisante ou chloration/pasteurisation des eaux de filage et des liquides de couverture, maintien d'un pH < 5.2 • Psychrotrophie marquée (croissance dès 2-4 °C), pH > 5.4, eau de refroidissement ou liquide de gouverne contaminé, présence d'oxygène
Official sources & reference book	TaxID:294 • Le manuel clinique des pathologies laitières et fromagères (https://www.tyrodexia.com/index.html#collection)
Reference strain collections	DSM 50090, ATCC 13525, NCTC 10038, CIP 69.13
Operator safety & PubMed references	PMID:21854908 🔎 • DOI:10.3168/jds.2011-4313 🔎

INDEX-EXPERT™ #08 • Tyrodexia™ Architecture Palier 4

🔎 SQLite Proof

Bacteriocins (NPClassifier) & health targets	Flore de vigilance métagénomique (2 éch.) • Blue discoloration and fluorescent pigment defect agent ; Agent du défaut de coloration bleue/fluorescente des pâtes fraîches et filées • Bacteria
Isolation substrates & linked cheese matrices	Pâtes filées (Mozzarella, Burrata), fromages frais, pâtes molles humides, Queso Fresco • Mozzarella [en:mozzarella], Fiore sardo [it:fiore-sardo], Pecorino [en:pecorino], Lactosérum / Whey [en:whey] • Pseudomonadota (phylum) › Gammaproteobacteria (class) › Pseudomonadales (order) › Pseudomonadaceae (family) › Pseudomonas (genus)
Physicochemical barriers (TDM, moisture, NaCl USDA)	Mozzarella (EST 50.0 %, MNA 64.18 %, NaCl 1.23 g/100g) ; Fiore sardo (EST 33.2 %, MNA 71.06 %, NaCl 0.94 g/100g) ; Pecorino (EST 33.2 %, MNA 71.06 %, NaCl 0.94 g/100g) ; Lactosérum (EST 96.49 %, MNA 3.53 %, NaCl 2.46 g/100g) • "Bacillus fluorescens liquefaciens" Flugge 1886 • Bacillus fluorescens liquefaciens • Bacillus fluorescens • Bacterium fluorescen • Liquidomonas fluorescens
Official sources & reference book	TaxID:294 • Le manuel clinique des pathologies laitières et fromagères (https://www.tyrodexia.com/index.html#collection)
Prophylaxis & PubMed references	PMID:21854908 🔎 • DOI:10.3168/jds.2011-4313 🔎

Differential diagnosis of potential defects, biochemical mechanisms and cellar prophylaxis (Tier 3 — Practitioner):

DEFAUT_PIGMENTAIRE_TACHES🔎 Proof

Taches et marbrures bleu roi, bleu-vert ou jaune-vert fluorescent à la surface du fromage et dans le liquide de couverture, glaire et amertume

DEFAUT_PIGMENTAIRE_TACHES🔎 Proof

Taches et marbrures bleu roi, bleu-vert ou jaune-vert fluorescent à la surface du fromage et dans le liquide de couverture, glaire et amertume

Palier 4 • Institutionnel & Microbiologiste

NCBI Synonyms & Basionyms	Bacillus fluorescens liquefaciens • Bacillus fluorescens • Bacterium fluorescen • Liquidomonas fluorescens

🔬 Subordinate strains and subspecies qualified in Tyrodexia™ (16) :

Palier 5 • Expert Absolu

EBI SIFTS / RCSB PDB 3D Structures	PDB #1A8S (25 crystallographic structures • CIF) — RCSB PDB 3D ↗
NCBI RefSeq Genomic Assembly	RefSeq: GCA_900475215.1 • Taille: 6.51517 Mb • GC: 60 % • Statut: Complete Genome • BioSample: SAMN15435700 • BioProject: PRJNA640378
PubMed / DOI Primary Literature	PMID:21854908 🔎 • DOI:10.3168/jds.2011-4313 🔎

📊 Quantitative Metagenomic Detections (SegataLab/cFMD Cell 2024 & FoodMicrobionet) :