Palier 1 • Identité NCBI
🦠 NCBI TAXID #358 • SPECIES • Bacteria
🔎 Certificat NCBI #358
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Agrobacterium tumefaciens Agrobacterium fabacearum Delamuta et al 2020
⚡ 5 pôle(s) d'Index-Experts™ actifs (routage O(1)) • 🧀 1 matrice(s) fromagère(s) reliée(s) • 🧊 25 structure(s) 3D RCSB PDB / EBI SIFTS
🌳 Filiation phylogénétique & Matrices fromagères associées
Palier 2 • Fromager & Sommelier
Pseudomonadota (phylum)
› Alphaproteobacteria (class)
› Hyphomicrobiales (order)
› Rhizobiaceae (family)
› Agrobacterium (genus)
🧀 Fromages, matrices laitières et appellations reliés (1) :
🧫 Substrats d'isolement, Hôtes biologiques & Écologie de cave (NCBI Host)
Palier 3 • Praticien & Affineur
Cheese metagenome (en:caciocavallo — 2 échantillons)
INDEX-EXPERT™ #00 • Socle fromager Tyrodexia™
Palier 1
Index maître des ferments fromagers et affineurs
🔎 Preuve SQLite
| Matrices fromagères & substrats associés | Caciocavallo [en:caciocavallo] • Cheese metagenome (en:caciocavallo — 2 échantillons) |
|---|---|
| Typologie de pâte & preuves technologiques | Microbiote fromager caractérisé (2 éch.) • Bacteria • Pseudomonadota (phylum) › Alphaproteobacteria (class) › Hyphomicrobiales (order) › Rhizobiaceae (family) › Agrobacterium (genus) |
| Sources officielles & ouvrage de référence | TaxID:358 • SegataLab/cFMD (Cell 2024) (2 échantillons fromagers positifs) • Le grand dictionnaire du microbiome des fromages (https://www.tyrodexia.com/index.html#ouvrage) |
| EST %, G/S % des matrices fromagères | Agrobacterium fabacearum Delamuta et al 2020 |
| Bactériophages prédateurs & littérature PubMed | DOI:10.1016/j.cell.2024.07.039 🔎 (cFMD) • FoodMicrobionet |
INDEX-EXPERT™ #01 • Architecture Tyrodexia™
Palier 5
Synonymies et anciens noms (NCBI)
🔎 Preuve SQLite
| Concordance de nomenclature (NCBI) | Agrobacterium tumefaciens (Agrobacterium fabacearum Delamuta et al 2020) |
|---|---|
| Synonymes & basionymes historiques | Bacteria |
| Autorité taxonomique & souches de référence | Agrobacterium fabacearum Delamuta et al 2020 |
| Sources officielles & ouvrage de référence | TaxID:358 • Le grand dictionnaire du microbiome des fromages (https://www.tyrodexia.com/index.html#ouvrage) |
| Filiation & justification phylogénomique | Pseudomonadota (phylum) › Alphaproteobacteria (class) › Hyphomicrobiales (order) › Rhizobiaceae (family) › Agrobacterium (genus) |
| Références taxonomiques PubMed | DOI:10.1016/j.cell.2024.07.039 🔎 (cFMD) • FoodMicrobionet |
INDEX-EXPERT™ #02 • Architecture Tyrodexia™
Palier 2
Origines et habitacles écologiques
🔎 Preuve SQLite
| Biotope fromager, terroirs & substrats d'isolement | Caciocavallo [en:caciocavallo] • Italie — Sicile • Cheese metagenome (en:caciocavallo — 2 échantillons) |
|---|---|
| Souches déposées & collections de référence | Microbiote fromager caractérisé (2 éch.) |
| EST %, G/S % des matrices colonisées | Caciocavallo (EST 33.2 %, G/S 18.07 %) • Bacteria |
| Sources officielles & ouvrage de référence | TaxID:358 • Le grand dictionnaire du microbiome des fromages (https://www.tyrodexia.com/index.html#ouvrage) |
| Substrat d'isolement documenté (NCBI Host) | Cheese metagenome (en:caciocavallo — 2 échantillons) |
| Écologie & références PubMed | DOI:10.1016/j.cell.2024.07.039 🔎 (cFMD) • FoodMicrobionet |
INDEX-EXPERT™ #04 • Architecture Tyrodexia™
Palier 1
Familles de fromages et technologies
🔎 Preuve SQLite
| Famille technologique & appellations associées | Fromages italiens ; Fromages à pâte filée • Caciocavallo [en:caciocavallo] • Cheese metagenome (en:caciocavallo — 2 échantillons) |
|---|---|
| Diagramme de pâte, croûte & fonction technologique | Microbiote fromager caractérisé (2 éch.) • Pseudomonadota (phylum) › Alphaproteobacteria (class) › Hyphomicrobiales (order) › Rhizobiaceae (family) › Agrobacterium (genus) |
| Fromageries documentées, substrats & collections | Cheese metagenome (en:caciocavallo — 2 échantillons) |
| Sources officielles & ouvrage de référence | TaxID:358 • Le grand dictionnaire du microbiome des fromages (https://www.tyrodexia.com/index.html#ouvrage) |
| Extrait sec (EST %) & Gras sur sec (G/S %) des matrices | Caciocavallo (EST 33.2 %, G/S 18.07 %) • Bacteria |
| Fromages emblématiques (AOP / Caseus) & études PubMed | DOI:10.1016/j.cell.2024.07.039 🔎 (cFMD) • FoodMicrobionet |
INDEX-EXPERT™ #08 • Architecture Tyrodexia™
Palier 4
Pathogènes et bioprotection
🔎 Preuve SQLite
| Bactériocines (NPClassifier) & cibles sanitaires | Microbiote fromager caractérisé (2 éch.) • Bacteria |
|---|---|
| Substrats d'isolement & matrices fromagères reliées | Cheese metagenome (en:caciocavallo — 2 échantillons) • Caciocavallo [en:caciocavallo] • Pseudomonadota (phylum) › Alphaproteobacteria (class) › Hyphomicrobiales (order) › Rhizobiaceae (family) › Agrobacterium (genus) |
| Barrières physico-chimiques (EST, humidité, NaCl USDA) | Caciocavallo (EST 33.2 %, MNA 71.06 %, NaCl 0.94 g/100g) • Agrobacterium fabacearum Delamuta et al 2020 |
| Sources officielles & ouvrage de référence | TaxID:358 • Le manuel clinique des pathologies laitières et fromagères (https://www.tyrodexia.com/index.html#collection) |
| Prophylaxie & références PubMed | DOI:10.1016/j.cell.2024.07.039 🔎 (cFMD) • FoodMicrobionet |
🏛️ Collections mondiales (DSM / ATCC / CBS), Synonymies NCBI, Souches & Races FAO DAD-IS
Palier 4 • Institutionnel & Microbiologiste🧬 Génomique RefSeq, Biologie Structurale 3D (EBI SIFTS), Métagénomique (cFMD/FMBN) & PubMed
Palier 5 • Expert Absolu| Structures 3D EBI SIFTS / RCSB PDB | PDB #1EHY (25 structures cristallographiques • CIF) — RCSB PDB 3D ↗ |
|---|---|
| Assemblage Génomique NCBI RefSeq | RefSeq: GCA_013318015.2 • Taille: 6.00246 Mb • GC: 58.4093 % • Statut: Complete Genome |
| Littérature primaire PubMed / DOI | DOI:10.1016/j.cell.2024.07.039 🔎 (cFMD) • FoodMicrobionet |
📊 Détections métagénomiques quantitatives (SegataLab/cFMD Cell 2024 & FoodMicrobionet) :