🎛️ Cognitive Granularity Slider (Progressive Disclosure 1 → 5)

Click any tier (1 to 5) to instantaneously filter the displayed scientific depth:

Palier 1 • Identité NCBI 🦠 NCBI TAXID #562 • SPECIES • Bacteria 🔎 NCBI Certificate #562

Escherichia coli "Bacillus coli" Migula 1895

🌍 Shiga toxin-producing E. coli (STEC / VTEC) pathogen ; Agent pathogène STEC / VTEC (producteur de shigatoxines) ; E. coli

⚡ 3 active Index-Experts™ pole(s) (O(1) routing) • 🧀 8 linked cheese matrix/matrices • 🧊 25 3D structure(s) RCSB PDB / EBI SIFTS

🌳 Phylogenetic Lineage & Associated Cheese Matrices

Palier 2 • Fromager & Sommelier

Pseudomonadota (phylum) › Gammaproteobacteria (class) › Enterobacterales (order) › Enterobacteriaceae (family) › Escherichia (genus)

🧀 Linked cheeses, dairy matrices and designations (8) :

🧀 Caciocavallo 🧀 Cheddar cheese 🧀 Fiore sardo 🧀 Fontina 🧀 Whey 🧀 Mozzarella 🧀 Pecorino 🧀 Provolone

🧫 Isolation Substrates, Biological Hosts & Cellar Ecology (NCBI Host)

Palier 3 • Praticien & Affineur

Fromages au lait cru à pâte molle, pâtes lactiques et pâtes pressées non cuites

INDEX-EXPERT™ #01 • Tyrodexia™ Architecture Palier 5

Synonyms and historical names (NCBI)

🔎 SQLite Proof

Nomenclature concordance (NCBI)	Escherichia coli ⟷ Bacillus coli • Bacterium coli commune • Bacterium coli • Enterococcus coli • Escherichia/Shigella coli
Historical synonyms & basionyms	Shiga toxin-producing E. coli (STEC / VTEC) pathogen ; Agent pathogène STEC / VTEC (producteur de shigatoxines) ; E. coli • Bacteria
Taxonomic authority & reference strains	"Bacillus coli" Migula 1895
Official sources & reference book	TaxID:562 • Le grand dictionnaire du microbiome des fromages (https://www.tyrodexia.com/index.html#ouvrage)
Lineage & phylogenomic justification	Pseudomonadota (phylum) › Gammaproteobacteria (class) › Enterobacterales (order) › Enterobacteriaceae (family) › Escherichia (genus)
PubMed taxonomic references	PMID:25085216 🔎 • DOI:10.1016/j.ijfoodmicro.2014.07.011 🔎

INDEX-EXPERT™ #06 • Tyrodexia™ Architecture Palier 3

Symptoms and manufacturing defects

🔎 SQLite Proof

Vigilance category & defect diagnosis	Agent pathogène STEC / VTEC (producteur de shigatoxines) • Aucun défaut sensoriel systématique aux faibles doses infectieuses ; risque de syndrome hémolytique et urémique (SHU) lié aux sérogroupes O157, O26, O103, O145, O111 • Pecorino [en:pecorino], Fontina [en:fontina], Fiore sardo [it:fiore-sardo], Lactosérum [en:whey], Caciocavallo [en:caciocavallo], Provolone [en:provolone]
Spoilage metabolites & taxonomic lineage	Résistance acide dépendante du glutamate (système GadABC) et production de shigatoxines (Stx1, Stx2) codées par des prophages
Documented substrates & historical synonyms	Hygiène irréprochable de la traite et de la litière, contrôle PCR stx/eae sur laits et fromages, flores barrières compétitives en cuve • Tolérance extrême à l'acidité (survie à pH 4.2-4.5 dans les caillés lactiques), T° de fabrication > 20 °C, contamination fécale à la traite
Official sources & reference book	TaxID:562 • Le manuel clinique des pathologies laitières et fromagères (https://www.tyrodexia.com/index.html#collection)
Reference strain collections	DSM 30083, ATCC 11775, NCTC 9001 (EDL933 STEC : ATCC 43895)
Operator safety & PubMed references	PMID:25085216 🔎 • DOI:10.1016/j.ijfoodmicro.2014.07.011 🔎

INDEX-EXPERT™ #08 • Tyrodexia™ Architecture Palier 4

Pathogens and bioprotection

🔎 SQLite Proof

Bacteriocins (NPClassifier) & health targets	Flore de vigilance métagénomique (2 éch.) ; Flore de vigilance métagénomique (6 éch.) ; Flore de vigilance métagénomique (12 éch.) • Shiga toxin-producing E. coli (STEC / VTEC) pathogen ; Agent pathogène STEC / VTEC (producteur de shigatoxines) ; E. coli • Bacteria
Isolation substrates & linked cheese matrices	Fromages au lait cru à pâte molle, pâtes lactiques et pâtes pressées non cuites • Fontina [en:fontina], Mozzarella [en:mozzarella], Fiore sardo [it:fiore-sardo], Pecorino [en:pecorino], Cheddars / Cheddar cheese [en:cheddar-cheese], Provolone [en:provolone], Lactosérum / Whey [en:whey], Caciocavallo [en:caciocavallo] • Pseudomonadota (phylum) › Gammaproteobacteria (class) › Enterobacterales (order) › Enterobacteriaceae (family) › Escherichia (genus)
Physicochemical barriers (TDM, moisture, NaCl USDA)	Fontina (EST 62.1 %, MNA 55.01 %, NaCl 2.03 g/100g) ; Mozzarella (EST 50.0 %, MNA 64.18 %, NaCl 1.23 g/100g) ; Fiore sardo (EST 33.2 %, MNA 71.06 %, NaCl 0.94 g/100g) ; Pecorino (EST 33.2 %, MNA 71.06 %, NaCl 0.94 g/100g) • "Bacillus coli" Migula 1895 • Bacillus coli • Bacterium coli commune • Bacterium coli • Enterococcus coli • Escherichia/Shigella coli
Official sources & reference book	TaxID:562 • Le manuel clinique des pathologies laitières et fromagères (https://www.tyrodexia.com/index.html#collection)
Prophylaxis & PubMed references	PMID:25085216 🔎 • DOI:10.1016/j.ijfoodmicro.2014.07.011 🔎

⚠️ Cellar Clinical Vigilance & Generic Defects Monitoring (2)

Differential diagnosis of potential defects, biochemical mechanisms and cellar prophylaxis (Tier 3 — Practitioner):

⚠️ Shiga toxin-producing E. coli (STEC

PATHOGENE_REGLEMENTAIRE_STRICT🔎 Proof

Aucun défaut sensoriel systématique aux faibles doses infectieuses ; risque de syndrome hémolytique et urémique (SHU) lié aux sérogroupes O157, O26…

View full 360° clinical card →

⚠️ VTEC) pathogen

PATHOGENE_REGLEMENTAIRE_STRICT🔎 Proof

Aucun défaut sensoriel systématique aux faibles doses infectieuses ; risque de syndrome hémolytique et urémique (SHU) lié aux sérogroupes O157, O26…

View full 360° clinical card →

🏛️ Global Culture Collections (DSM / ATCC / CBS), NCBI Synonyms, Strains & FAO DAD-IS Breeds

Palier 4 • Institutionnel & Microbiologiste

NCBI Synonyms & Basionyms	Bacillus coli • Bacterium coli commune • Bacterium coli • Enterococcus coli • Escherichia/Shigella coli

🔬 Subordinate strains and subspecies qualified in Tyrodexia™ (48) :

🧬 RefSeq Genomics, 3D Structural Biology (EBI SIFTS), Metagenomics (cFMD/FMBN) & PubMed

Palier 5 • Expert Absolu

EBI SIFTS / RCSB PDB 3D Structures	PDB #10EC (25 crystallographic structures • CIF) — RCSB PDB 3D ↗
NCBI RefSeq Genomic Assembly	RefSeq: GCA_000005845.2 • Taille: 4.64165 Mb • GC: 50.8 % • Statut: Complete Genome • BioSample: SAMN26095817 • BioProject: PRJNA806525
PubMed / DOI Primary Literature	PMID:25085216 🔎 • DOI:10.1016/j.ijfoodmicro.2014.07.011 🔎

📊 Quantitative Metagenomic Detections (SegataLab/cFMD Cell 2024 & FoodMicrobionet) :

Authority organization
Official source dump
SQLite relational table
Official primary key