STANDARD V14.4 • ROUTAGE O(1) Architecture relationnelle 24 pôles & 17 Index-Experts™ synchronisés avec la taxonomie NCBI 2026, EBI SIFTS 3D et cFMD/FMBN.
TYRODEXIA™ & NCBI 2026
Grand dictionnaire du microbiome des fromages
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Palier 1 • Identité NCBI 🦠 NCBI TAXID #1744 • SPECIES • Bacteria 🔎 Certificat NCBI #1744
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Propionibacterium freudenreichii "Bacterium acidi propionici a" von Freudenreich and Orla-Jensen 1907

⚡ 10 pôle(s) d'Index-Experts™ actifs (routage O(1))  •  🧀 10 matrice(s) fromagère(s) reliée(s)  •  🧊 25 structure(s) 3D RCSB PDB / EBI SIFTS

🌳 Filiation phylogénétique & Matrices fromagères associées

Palier 2 • Fromager & Sommelier
Actinomycetota (phylum) › Actinomycetes (class) › Propionibacteriales (order) › Propionibacteriaceae (family) › Propionibacterium (genus)
🧀 Fromages, matrices laitières et appellations reliés (10) :
🧀 Abondance 🧀 Cheese core 🧀 Comté 🧀 Emmentals 🧀 Fontina 🧀 Louis d'Or 🧀 Maasdam 🧀 Parmigiano Reggiano 🧀 Provolone 🧀 Queso de la serena
INDEX-EXPERT™ #00 • Socle fromager Tyrodexia™ Palier 1

Index maître des ferments fromagers et affineurs

🔎 Preuve SQLite
Matrices fromagères & substrats associés Comté [en:comte], Emmentals [en:emmentaler], Louis d'Or [qc:louis-d-or], Fontina [en:fontina], Parmigiano Reggiano [en:parmigiano-reggiano], Maasdam [en:maasdam], Provolone [en:provolone], Queso de la serena [es:queso-de-la-serena]
Typologie de pâte & preuves technologiques Fermentation propionique du lactate en acides propionique et acétique avec dégagement de CO2 formant les yeux et les notes de noisette grillée ; Fermentation de Fitz transformant 3 moles de lactate en 2 moles de propionate, 1 mole d'acétate et 1 mole de CO2 formant les yeux de la taille d'une cerise à une noix ; Fermentation propionique douce en cave chaude apportant les arômes sucrés-fruités et une fine ouverture • Bacteria • Actinomycetota (phylum) › Actinomycetes (class) › Propionibacteriales (order) › Propionibacteriaceae (family) › Propionibacterium (genus)
Métabolites secondaires & collections de référence GCA_900087655.1
Sources officielles & ouvrage de référence TaxID:1744 • Tyrodexia Microbiota Authority (ref_liens_fromages_microbiote.csv) • Le grand dictionnaire du microbiome des fromages (https://www.tyrodexia.com/index.html#ouvrage)
EST %, G/S % des matrices fromagères Taille: 2.50719 Mb • GC: 67.4 % • "Bacterium acidi propionici a" von Freudenreich and Orla-Jensen 1907
Bactériophages prédateurs & littérature PubMed Phages: Propionibacterium phage Anatole, Propionibacterium phage B22, Propionibacterium phage B3, Propionibacterium phage B5, Propionibacterium phage Doucette, Propionibacterium phage E1 • PMID:20636370 🔎 • DOI:10.1371/journal.pone.0011748 🔎
INDEX-EXPERT™ #01 • Architecture Tyrodexia™ Palier 5

Synonymies et anciens noms (NCBI)

🔎 Preuve SQLite
Concordance de nomenclature (NCBI) Propionibacterium freudenreichii ⟷ Bacterium acidi propionici a • Bacterium acidi propionici d • Propionicibacterium freudenreichii
Synonymes & basionymes historiques Bacteria
Autorité taxonomique & souches de référence "Bacterium acidi propionici a" von Freudenreich and Orla-Jensen 1907
Sources officielles & ouvrage de référence TaxID:1744 • Le grand dictionnaire du microbiome des fromages (https://www.tyrodexia.com/index.html#ouvrage)
Filiation & justification phylogénomique Actinomycetota (phylum) › Actinomycetes (class) › Propionibacteriales (order) › Propionibacteriaceae (family) › Propionibacterium (genus)
Références taxonomiques PubMed PMID:20636370 🔎 • DOI:10.1371/journal.pone.0011748 🔎
INDEX-EXPERT™ #02 • Architecture Tyrodexia™ Palier 2

Origines et habitacles écologiques

🔎 Preuve SQLite
Biotope fromager, terroirs & substrats d'isolement Fontina [en:fontina], Queso de la serena [es:queso-de-la-serena], Parmigiano Reggiano / Parmigiano-Reggiano [en:parmigiano-reggiano], Comté [en:comte], Maasdam [en:maasdam], Emmentals / Emmentaler [en:emmentaler], Provolone [en:provolone], Abondance [en:abondance] • Italie ; Espagne — Estrémadure — Province de Cáceres ; Italie — Province de Parme — Émilie-Romagne ; Pays-Bas
Souches déposées & collections de référence Microbiote fromager caractérisé (18 éch.) ; Microbiote fromager caractérisé (2 éch.) ; Microbiote fromager caractérisé (6 éch.)
EST %, G/S % des matrices colonisées Fontina (EST 62.1 %, G/S 50.08 %) ; Queso de la serena (EST 19.3 %, G/S 36.27 %) ; Parmigiano Reggiano (EST 77.4 %, G/S 35.92 %) ; Maasdam (EST 70.0 %, G/S 35.71 %) • Bacteria
Sources officielles & ouvrage de référence TaxID:1744 • Le grand dictionnaire du microbiome des fromages (https://www.tyrodexia.com/index.html#ouvrage)
Écologie & références PubMed PMID:20636370 🔎 • DOI:10.1371/journal.pone.0011748 🔎
INDEX-EXPERT™ #03 • Architecture Tyrodexia™ Palier 2

Textures de pâte et rhéologie

🔎 Preuve SQLite
Typologie de pâte/croûte & matrices reliées Cheese core (A cheese food product which is surrounded by a cheese rind.) • Fontina [en:fontina], Queso de la serena [es:queso-de-la-serena], Parmigiano Reggiano / Parmigiano-Reggiano [en:parmigiano-reggiano], Comté [en:comte], Maasdam [en:maasdam], Emmentals / Emmentaler [en:emmentaler] • Microbiote fromager caractérisé (18 éch.) ; Microbiote fromager caractérisé (2 éch.) ; Microbiote fromager caractérisé (6 éch.)
Profil protéolytique, acides aminés (USDA) & métabolites Glutamic acid : 5.14 g ; Proline : 3.32 g ; Leucine : 2.66 g ; Lysine : 2.33 g • Actinomycetota (phylum) › Actinomycetes (class) › Propionibacteriales (order) › Propionibacteriaceae (family) › Propionibacterium (genus)
Extrait sec (EST %), G/S %, ratio Ca/P & minéralisation Fontina (EST 62.1 %, G/S 50.08 %) ; Queso de la serena (EST 19.3 %, G/S 36.27 %) ; Parmigiano Reggiano (EST 77.4 %, G/S 35.92 %) ; Maasdam (EST 70.0 %, G/S 35.71 %) • Iron, Fe : 0.23 mg ; Magnesium, Mg : 14 mg ; Phosphorus, P : 346 mg ; Sodium, Na : 800 mg
Sources officielles & ouvrage de référence TaxID:1744 • Guide clinique de la rhéologie fromagère et des matrices coagulées (https://www.tyrodexia.com/index.html#collection)
Références rhéologiques PubMed PMID:20636370 🔎 • DOI:10.1371/journal.pone.0011748 🔎
INDEX-EXPERT™ #04 • Architecture Tyrodexia™ Palier 1

Familles de fromages et technologies

🔎 Preuve SQLite
Famille technologique & appellations associées Fromages de vache ; Fromages italiens ; Fromages de brebis ; Fromages espagnols ; Fromages des Pays-Bas • Fontina [en:fontina], Queso de la serena [es:queso-de-la-serena], Parmigiano Reggiano / Parmigiano-Reggiano [en:parmigiano-reggiano], Comté [en:comte], Maasdam [en:maasdam], Emmentals / Emmentaler [en:emmentaler], Provolone [en:provolone], Abondance [en:abondance]
Diagramme de pâte, croûte & fonction technologique Cheese core (A cheese food product which is surrounded by a cheese rind.) • Microbiote fromager caractérisé (18 éch.) ; Microbiote fromager caractérisé (2 éch.) ; Microbiote fromager caractérisé (6 éch.) • Actinomycetota (phylum) › Actinomycetes (class) › Propionibacteriales (order) › Propionibacteriaceae (family) › Propionibacterium (genus)
Sources officielles & ouvrage de référence TaxID:1744 • Le grand dictionnaire du microbiome des fromages (https://www.tyrodexia.com/index.html#ouvrage)
Extrait sec (EST %) & Gras sur sec (G/S %) des matrices Fontina (EST 62.1 %, G/S 50.08 %) ; Queso de la serena (EST 19.3 %, G/S 36.27 %) ; Parmigiano Reggiano (EST 77.4 %, G/S 35.92 %) ; Maasdam (EST 70.0 %, G/S 35.71 %) • Bacteria
Fromages emblématiques (AOP / Caseus) & études PubMed Fontina (Appellation d'origine protégée) ; Queso de la serena (Appellation d'origine protégée) ; Parmigiano Reggiano (Appellation d'origine protégée) • PMID:20636370 🔎 • DOI:10.1371/journal.pone.0011748 🔎
INDEX-EXPERT™ #05 • Architecture Tyrodexia™ Palier 3

Marqueurs technologiques (pH et gaz)

🔎 Preuve SQLite
Substrats glucidiques, lactose résiduel (USDA) & métabolites Total Sugars : 1.55 g ; Énergie : 389 kcal ; Fiber, total dietary : 0 g ; Protein : 25.6 g • Fontina [en:fontina], Queso de la serena [es:queso-de-la-serena], Parmigiano Reggiano / Parmigiano-Reggiano [en:parmigiano-reggiano], Comté [en:comte], Maasdam [en:maasdam], Emmentals / Emmentaler [en:emmentaler]
Rôle métabolique & composés caractérisés Microbiote fromager caractérisé (18 éch.) ; Microbiote fromager caractérisé (2 éch.) ; Microbiote fromager caractérisé (6 éch.) • Actinomycetota (phylum) › Actinomycetes (class) › Propionibacteriales (order) › Propionibacteriaceae (family) › Propionibacterium (genus)
Égouttage, humidité, salage (USDA) & matrices reliées Fontina (EST 62.1 %, NaCl 2.03 g/100g) ; Queso de la serena (EST 19.3 %, NaCl 0.11 g/100g) ; Parmigiano Reggiano (EST 77.4 %, NaCl 4.57 g/100g) ; Maasdam (EST 70.0 %, NaCl 3.0 g/100g) • Fontina [en:fontina], Queso de la serena [es:queso-de-la-serena], Parmigiano Reggiano / Parmigiano-Reggiano [en:parmigiano-reggiano], Comté [en:comte], Maasdam [en:maasdam], Emmentals / Emmentaler [en:emmentaler]
Sources officielles & ouvrage de référence TaxID:1744 • Atlas de l'ingénierie fromagère et de la thermodynamique d'affinage (https://www.tyrodexia.com/index.html#collection)
Surveillance phagique en cuve & références PubMed Phages: Propionibacterium phage Anatole (TaxID:1897531), Propionibacterium phage B22 (TaxID:1897532), Propionibacterium phage B3 (TaxID:1897533), Propionibacterium phage B5 (TaxID:189836), Propionibacterium phage Doucette (TaxID:1897534) • PMID:20636370 🔎 • DOI:10.1371/journal.pone.0011748 🔎
INDEX-EXPERT™ #08 • Architecture Tyrodexia™ Palier 4

Pathogènes et bioprotection

🔎 Preuve SQLite
Bactériocines (NPClassifier) & cibles sanitaires Microbiote fromager caractérisé (18 éch.) ; Microbiote fromager caractérisé (2 éch.) ; Microbiote fromager caractérisé (6 éch.) • Bacteria
Substrats d'isolement & matrices fromagères reliées Fontina [en:fontina], Queso de la serena [es:queso-de-la-serena], Parmigiano Reggiano / Parmigiano-Reggiano [en:parmigiano-reggiano], Comté [en:comte], Maasdam [en:maasdam], Emmentals / Emmentaler [en:emmentaler], Provolone [en:provolone], Abondance [en:abondance] • Actinomycetota (phylum) › Actinomycetes (class) › Propionibacteriales (order) › Propionibacteriaceae (family) › Propionibacterium (genus)
Barrières physico-chimiques (EST, humidité, NaCl USDA) Fontina (EST 62.1 %, MNA 55.01 %, NaCl 2.03 g/100g) ; Queso de la serena (EST 19.3 %, MNA 86.77 %, NaCl 0.11 g/100g) ; Parmigiano Reggiano (EST 77.4 %, MNA 31.3 %, NaCl 4.57 g/100g) ; Maasdam (EST 70.0 %, MNA 40.0 %, NaCl 3.0 g/100g) • "Bacterium acidi propionici a" von Freudenreich and Orla-Jensen 1907 • Bacterium acidi propionici a • Bacterium acidi propionici d • Propionicibacterium freudenreichii
Sources officielles & ouvrage de référence TaxID:1744 • Le manuel clinique des pathologies laitières et fromagères (https://www.tyrodexia.com/index.html#collection)
Prophylaxie & références PubMed PMID:20636370 🔎 • DOI:10.1371/journal.pone.0011748 🔎
INDEX-EXPERT™ #10 • Architecture Tyrodexia™ Palier 1

Terroirs et appellations protégées

🔎 Preuve SQLite
Fromages reliés & bassins laitiers d'origine Fontina [en:fontina], Queso de la serena [es:queso-de-la-serena], Parmigiano Reggiano / Parmigiano-Reggiano [en:parmigiano-reggiano], Comté [en:comte], Maasdam [en:maasdam], Emmentals / Emmentaler [en:emmentaler], Provolone [en:provolone], Abondance [en:abondance] • Italie ; Espagne — Estrémadure — Province de Cáceres ; Italie — Province de Parme — Émilie-Romagne ; Pays-Bas
Appellations officielles (AOP/DOP/IGP) & croûtes Fontina (Appellation d'origine protégée) ; Queso de la serena (Appellation d'origine protégée) ; Parmigiano Reggiano (Appellation d'origine protégée) • Cheese core (A cheese food product which is surrounded by a cheese rind.) • Actinomycetota (phylum) › Actinomycetes (class) › Propionibacteriales (order) › Propionibacteriaceae (family) › Propionibacterium (genus)
Fromageries de terroir & palmarès officiels "Bacterium acidi propionici a" von Freudenreich and Orla-Jensen 1907
Sources officielles & ouvrage de référence TaxID:1744 • Le grand dictionnaire du microbiome des fromages (https://www.tyrodexia.com/index.html#ouvrage)
Collections de référence, BioSample & BioProject SAMN10365609 • PRJNA503586
Audit de terroir & références PubMed PMID:20636370 🔎 • DOI:10.1371/journal.pone.0011748 🔎
INDEX-EXPERT™ #11 • Architecture Tyrodexia™ Palier 5

Volatilome et profils aromatiques

🔎 Preuve SQLite
Composés aromatiques ponts (FlavorGraph) & volatils trimethylamine ; salicylic acid ; propionic acid ; phenylacetaldehyde ; phenol ; oleic acid ; octanoic acid ; methanethiol • Fontina [en:fontina], Queso de la serena [es:queso-de-la-serena], Parmigiano Reggiano / Parmigiano-Reggiano [en:parmigiano-reggiano], Comté [en:comte], Maasdam [en:maasdam], Emmentals / Emmentaler [en:emmentaler]
Précurseurs lipidiques & aminés d'arômes (USDA) Cholestérol : 116 mg ; Fatty acids, total saturated : 19.2 g ; Fatty acids, total monounsaturated : 8.69 g ; SFA 16:0 : 8.46 g ; Glutamic acid : 5.14 g ; Proline : 3.32 g ; Leucine : 2.66 g • Microbiote fromager caractérisé (18 éch.) ; Microbiote fromager caractérisé (2 éch.) ; Microbiote fromager caractérisé (6 éch.) • Actinomycetota (phylum) › Actinomycetes (class) › Propionibacteriales (order) › Propionibacteriaceae (family) › Propionibacterium (genus)
Accords gastronomiques & affinités sensorielles Prosciutto ; Porcini Mushroom ; Polenta ; Pizza Crust ; Cremini Mushroom ; Baby Arugula ; Pancetta ; Salami • Cheese core (A cheese food product which is surrounded by a cheese rind.)
Sources officielles & ouvrage de référence TaxID:1744 • Le référentiel du volatilome fromager et de la chémo-sensorialité (https://www.tyrodexia.com/index.html#collection)
Cinétique aromatique & études PubMed PMID:20636370 🔎 • DOI:10.1371/journal.pone.0011748 🔎
INDEX-EXPERT™ #14 • Science du lait & santé Tyrodexia™ Palier 4

Peptidome bioactif, santé fonctionnelle et vigilance clinique

🔎 Preuve SQLite
Vitamines cardioprotectrices (USDA) & bioactifs Folic acid : 0 µg ; Carotene, beta : 32 µg ; Carotene, alpha : 0 µg ; Vitamin K (phylloquinone) : 2.6 µg ; Cryptoxanthin, beta : 0 µg ; Lycopene : 0 µg
Acides aminés fonctionnels (GABA, Proline USDA) Glutamic acid : 5.14 g ; Proline : 3.32 g ; Leucine : 2.66 g ; Lysine : 2.33 g ; Valine : 1.93 g ; Tyrosine : 1.52 g • Actinomycetota (phylum) › Actinomycetes (class) › Propionibacteriales (order) › Propionibacteriaceae (family) › Propionibacterium (genus)
Acides gras bioactifs (ALC, Oméga-3) & minéraux Cholestérol : 116 mg ; Fatty acids, total saturated : 19.2 g ; Fatty acids, total monounsaturated : 8.69 g ; SFA 16:0 : 8.46 g ; Iron, Fe : 0.23 mg ; Magnesium, Mg : 14 mg ; Phosphorus, P : 346 mg ; Sodium, Na : 800 mg • Fontina [en:fontina], Queso de la serena [es:queso-de-la-serena], Parmigiano Reggiano / Parmigiano-Reggiano [en:parmigiano-reggiano], Comté [en:comte], Maasdam [en:maasdam], Emmentals / Emmentaler [en:emmentaler]
Extinction réelle du lactose & sucres (USDA) Protein : 25.6 g ; Ash : 3.79 g ; Eau : 37.9 g ; Total lipid (fat) : 31.1 g ; Carbohydrate, by difference : 1.55 g
Collections de référence, autorité & synonymes "Bacterium acidi propionici a" von Freudenreich and Orla-Jensen 1907 • Bacterium acidi propionici a • Bacterium acidi propionici d • Propionicibacterium freudenreichii
Littérature scientifique PubMed PMID:20636370 🔎 • DOI:10.1371/journal.pone.0011748 🔎
Sources officielles & ouvrage de référence TaxID:1744 • Le manuel clinique des pathologies laitières et fromagères (https://www.tyrodexia.com/index.html#collection)

⚠️ Vigilance Clinique de Cave & Altérations Génériques (1)

Diagnostic différentiel des altérations potentielles, mécanismes biochimiques et prophylaxie de cave (Palier 3 — Praticien) :

⚠️ Agent du gonflement propionique indésirable et des fentes tardives en pâtes fermées
DEFAUT_PATE_GAZ_FENTES🔎 Preuve
Apparition anormale d'yeux ronds ou de fentes internes dans des fromages devant présenter une pâte aveugle/fermée, goût doux et sucré atypique
Consulter la fiche clinique 360° →

🏛️ Collections mondiales (DSM / ATCC / CBS), Synonymies NCBI, Souches & Races FAO DAD-IS

Palier 4 • Institutionnel & Microbiologiste
Synonymes & Basionymes NCBI Bacterium acidi propionici a • Bacterium acidi propionici d • Propionicibacterium freudenreichii
🔬 Souches subordonnées et sous-espèces qualifiées dans Tyrodexia™ (3) :
🦠 Propionibacterium freudenreichii subsp. freudenreichii #66712 🦠 Propionibacterium freudenreichii subsp. shermanii #1752 🦠 Propionibacterium freudenreichii subsp. shermanii CIRM-BIA1 #754252

🧬 Génomique RefSeq, Biologie Structurale 3D (EBI SIFTS), Métagénomique (cFMD/FMBN) & PubMed

Palier 5 • Expert Absolu
Structures 3D EBI SIFTS / RCSB PDB PDB #1AR4 (25 structures cristallographiques • CIF) — RCSB PDB 3D ↗
Assemblage Génomique NCBI RefSeq RefSeq: GCA_900087655.1 • Taille: 2.50719 Mb • GC: 67.4 % • Statut: Complete Genome • BioSample: SAMN10365609 • BioProject: PRJNA503586
Littérature primaire PubMed / DOI PMID:20636370 🔎 • DOI:10.1371/journal.pone.0011748 🔎
📊 Détections métagénomiques quantitatives (SegataLab/cFMD Cell 2024 & FoodMicrobionet) :
📊 SegataLab/cFMD (Cell 2024) : en:cheeses (n=82) 📊 SegataLab/cFMD (Cell 2024) : en:fontina (n=18) 📊 SegataLab/cFMD (Cell 2024) : en:maasdam (n=8) 📊 SegataLab/cFMD (Cell 2024) : en:parmigiano-reggiano (n=6) 📊 SegataLab/cFMD (Cell 2024) : en:provolone (n=2) 📊 SegataLab/cFMD (Cell 2024) : es:queso-de-la-serena (n=2) 📊 SegataLab/cFMD (Cell 2024) : en:abondance (n=2) 📊 SegataLab/cFMD (Cell 2024) : en:cheese-core (n=2)