🎛️ Curseur de Granularité Cognitive (Divulgation progressive 1 → 5)

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Palier 1 • Identité NCBI 🦠 NCBI TAXID #1351 • SPECIES • Bacteria 🔎 Certificat NCBI #1351

Enterococcus faecalis Enterococcus faecalis (Andrewes and Horder 1906) Schleifer and Kilpper-Balz 1984

🌍 Thermoduric acidification drift and tyramine accumulation agent ; Agent de dérive d'acidification thermodurique et d'accumulation de tyramine

⚡ 3 pôle(s) d'Index-Experts™ actifs (routage O(1)) • 🧀 7 matrice(s) fromagère(s) reliée(s) • 🧊 25 structure(s) 3D RCSB PDB / EBI SIFTS

🌳 Filiation phylogénétique & Matrices fromagères associées

Palier 2 • Fromager & Sommelier

Bacillota (phylum) › Bacilli (class) › Lactobacillales (order) › Enterococcaceae (family) › Enterococcus (genus)

🧀 Fromages, matrices laitières et appellations reliés (7) :

🧀 Blue cheese 🧀 Caciocavallo 🧀 Fontina 🧀 Fromages à pâte fraîche 🧀 Pecorino 🧀 Provolone 🧀 Rocamadour

🧫 Substrats d'isolement, Hôtes biologiques & Écologie de cave (NCBI Host)

Palier 3 • Praticien & Affineur

Pâtes pressées non cuites et demi-cuites, pâtes molles, fromages méditerranéens

INDEX-EXPERT™ #01 • Architecture Tyrodexia™ Palier 5

Synonymies et anciens noms (NCBI)

🔎 Preuve SQLite

Concordance de nomenclature (NCBI)	Enterococcus faecalis ⟷ Enterococcus proteiformis • Enterocoque • Micrococcus ovalis • Micrococcus zymogenes • Streptococcus faecalis • Streptococcus glycerinaceus • Streptococcus liquefaciens
Synonymes & basionymes historiques	Thermoduric acidification drift and tyramine accumulation agent ; Agent de dérive d'acidification thermodurique et d'accumulation de tyramine • Bacteria
Autorité taxonomique & souches de référence	Enterococcus faecalis (Andrewes and Horder 1906) Schleifer and Kilpper-Balz 1984
Sources officielles & ouvrage de référence	TaxID:1351 • Le grand dictionnaire du microbiome des fromages (https://www.tyrodexia.com/index.html#ouvrage)
Filiation & justification phylogénomique	Bacillota (phylum) › Bacilli (class) › Lactobacillales (order) › Enterococcaceae (family) › Enterococcus (genus)
Références taxonomiques PubMed	PMID:19896784 🔎 • DOI:10.1016/j.ijfoodmicro.2009.10.002 🔎

INDEX-EXPERT™ #06 • Architecture Tyrodexia™ Palier 3

Symptômes et défauts de fabrication

🔎 Preuve SQLite

Catégorie de vigilance & diagnostic de défaut	Agent de dérive d'acidification thermodurique et d'accumulation de tyramine • Acidification secondaire non maîtrisée, texture cassante ou pâteuse, amertume et accumulation d'amines biogènes vasoactives (tyramine) • Pecorino [en:pecorino], Provolone [en:provolone], Fontina [en:fontina], Blue cheese [en:blue-cheese], Caciocavallo [en:caciocavallo], Fromages à pâte fraîche [en:fresh-cheeses]
Métabolites d'altération & filiation taxonomique	Protéolyse secondaire non spécifique et décarboxylation enzymatique de la L-tyrosine par la tyrosine décarboxylase (TdcA) en tyramine
Substrats documentés & synonymes historiques	Hygiène de la machine à traire (élimination du tartre lactique), sélection de souches d'affinage Tdc-négatives, maîtrise de la pasteurisation • Survie à la thermisation/pasteurisation basse, tolérance élevée au sel (jusqu'à 6.5 % NaCl) et au pH (4.5-9.6), T° 10-45 °C
Sources officielles & ouvrage de référence	TaxID:1351 • Le manuel clinique des pathologies laitières et fromagères (https://www.tyrodexia.com/index.html#collection)
Collections de souches de référence	DSM 20478, ATCC 19433, NCTC 775, CIP 103015
Sécurité opérateur & références PubMed	PMID:19896784 🔎 • DOI:10.1016/j.ijfoodmicro.2009.10.002 🔎

INDEX-EXPERT™ #08 • Architecture Tyrodexia™ Palier 4

Pathogènes et bioprotection

🔎 Preuve SQLite

Bactériocines (NPClassifier) & cibles sanitaires	Flore de vigilance métagénomique (8 éch.) ; Flore de vigilance métagénomique (2 éch.) ; Flore de vigilance métagénomique (6 éch.) • Thermoduric acidification drift and tyramine accumulation agent ; Agent de dérive d'acidification thermodurique et d'accumulation de tyramine • Bacteria
Substrats d'isolement & matrices fromagères reliées	Pâtes pressées non cuites et demi-cuites, pâtes molles, fromages méditerranéens • Fontina [en:fontina], Rocamadour [en:rocamadour], Pecorino [en:pecorino], Provolone [en:provolone], Blue cheese [en:blue-cheese], Caciocavallo [en:caciocavallo], Fromages à pâte fraîche / Fresh cheeses [en:fresh-cheeses] • Bacillota (phylum) › Bacilli (class) › Lactobacillales (order) › Enterococcaceae (family) › Enterococcus (genus)
Barrières physico-chimiques (EST, humidité, NaCl USDA)	Fontina (EST 62.1 %, MNA 55.01 %, NaCl 2.03 g/100g) ; Rocamadour (EST 45.3 %, MNA 61.32 %, NaCl 1.22 g/100g) ; Pecorino (EST 33.2 %, MNA 71.06 %, NaCl 0.94 g/100g) ; Provolone (EST 59.0 %, MNA 55.86 %, NaCl 1.85 g/100g) • Enterococcus faecalis (Andrewes and Horder 1906) Schleifer and Kilpper-Balz 1984 • Enterococcus proteiformis • Enterocoque • Micrococcus ovalis • Micrococcus zymogenes • Streptococcus faecalis • Streptococcus glycerinaceus • Streptococcus liquefaciens
Sources officielles & ouvrage de référence	TaxID:1351 • Le manuel clinique des pathologies laitières et fromagères (https://www.tyrodexia.com/index.html#collection)
Prophylaxie & références PubMed	PMID:19896784 🔎 • DOI:10.1016/j.ijfoodmicro.2009.10.002 🔎

⚠️ Vigilance Clinique de Cave & Altérations Génériques (1)

Diagnostic différentiel des altérations potentielles, mécanismes biochimiques et prophylaxie de cave (Palier 3 — Praticien) :

⚠️ Agent de dérive d'acidification thermodurique et d'accumulation de tyramine

ALTERATION_TECHNOLOGIQUE_CUVE🔎 Preuve

Acidification secondaire non maîtrisée, texture cassante ou pâteuse, amertume et accumulation d'amines biogènes vasoactives (tyramine)

Consulter la fiche clinique 360° →

🏛️ Collections mondiales (DSM / ATCC / CBS), Synonymies NCBI, Souches & Races FAO DAD-IS

Palier 4 • Institutionnel & Microbiologiste

Synonymes & Basionymes NCBI	Enterococcus proteiformis • Enterocoque • Micrococcus ovalis • Micrococcus zymogenes • Streptococcus faecalis • Streptococcus glycerinaceus • Streptococcus liquefaciens

🔬 Souches subordonnées et sous-espèces qualifiées dans Tyrodexia™ (48) :

🧬 Génomique RefSeq, Biologie Structurale 3D (EBI SIFTS), Métagénomique (cFMD/FMBN) & PubMed

Palier 5 • Expert Absolu

Structures 3D EBI SIFTS / RCSB PDB	PDB #1B69 (25 structures cristallographiques • CIF) — RCSB PDB 3D ↗
Assemblage Génomique NCBI RefSeq	RefSeq: GCA_022869705.1 • Taille: 2.86695 Mb • GC: 37.6 % • Statut: Complete Genome • BioSample: SAMN29161923 • BioProject: PRJNA850115
Littérature primaire PubMed / DOI	PMID:19896784 🔎 • DOI:10.1016/j.ijfoodmicro.2009.10.002 🔎

📊 Détections métagénomiques quantitatives (SegataLab/cFMD Cell 2024 & FoodMicrobionet) :

📊 SegataLab/cFMD (Cell 2024) : en:cheeses (n=50) 📊 SegataLab/cFMD (Cell 2024) : en:fontina (n=8) 📊 SegataLab/cFMD (Cell 2024) : en:pecorino (n=6) 📊 SegataLab/cFMD (Cell 2024) : en:provolone (n=4) 📊 SegataLab/cFMD (Cell 2024) : en:blue-cheese (n=4) 📊 SegataLab/cFMD (Cell 2024) : en:caciocavallo (n=4) 📊 SegataLab/cFMD (Cell 2024) : en:fresh-cheeses (n=2) 📊 SegataLab/cFMD (Cell 2024) : en:rocamadour (n=2)

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