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Palier 1 • Identité NCBI 🦠 NCBI TAXID #562 • SPECIES • Bacteria 🔎 Certificat NCBI #562

Escherichia coli "Bacillus coli" Migula 1895

🌍 Shiga toxin-producing E. coli (STEC / VTEC) pathogen ; Agent pathogène STEC / VTEC (producteur de shigatoxines) ; E. coli

⚡ 3 pôle(s) d'Index-Experts™ actifs (routage O(1)) • 🧀 8 matrice(s) fromagère(s) reliée(s) • 🧊 25 structure(s) 3D RCSB PDB / EBI SIFTS

🌳 Filiation phylogénétique & Matrices fromagères associées

Palier 2 • Fromager & Sommelier

Pseudomonadota (phylum) › Gammaproteobacteria (class) › Enterobacterales (order) › Enterobacteriaceae (family) › Escherichia (genus)

🧀 Fromages, matrices laitières et appellations reliés (8) :

🧀 Caciocavallo 🧀 Cheddars 🧀 Fiore sardo 🧀 Fontina 🧀 Lactosérum 🧀 Mozzarella 🧀 Pecorino 🧀 Provolone

🧫 Substrats d'isolement, Hôtes biologiques & Écologie de cave (NCBI Host)

Palier 3 • Praticien & Affineur

Fromages au lait cru à pâte molle, pâtes lactiques et pâtes pressées non cuites

INDEX-EXPERT™ #01 • Architecture Tyrodexia™ Palier 5

Synonymies et anciens noms (NCBI)

🔎 Preuve SQLite

Concordance de nomenclature (NCBI)	Escherichia coli ⟷ Bacillus coli • Bacterium coli commune • Bacterium coli • Enterococcus coli • Escherichia/Shigella coli
Synonymes & basionymes historiques	Shiga toxin-producing E. coli (STEC / VTEC) pathogen ; Agent pathogène STEC / VTEC (producteur de shigatoxines) ; E. coli • Bacteria
Autorité taxonomique & souches de référence	"Bacillus coli" Migula 1895
Sources officielles & ouvrage de référence	TaxID:562 • Le grand dictionnaire du microbiome des fromages (https://www.tyrodexia.com/index.html#ouvrage)
Filiation & justification phylogénomique	Pseudomonadota (phylum) › Gammaproteobacteria (class) › Enterobacterales (order) › Enterobacteriaceae (family) › Escherichia (genus)
Références taxonomiques PubMed	PMID:25085216 🔎 • DOI:10.1016/j.ijfoodmicro.2014.07.011 🔎

INDEX-EXPERT™ #06 • Architecture Tyrodexia™ Palier 3

Symptômes et défauts de fabrication

🔎 Preuve SQLite

Catégorie de vigilance & diagnostic de défaut	Agent pathogène STEC / VTEC (producteur de shigatoxines) • Aucun défaut sensoriel systématique aux faibles doses infectieuses ; risque de syndrome hémolytique et urémique (SHU) lié aux sérogroupes O157, O26, O103, O145, O111 • Pecorino [en:pecorino], Fontina [en:fontina], Fiore sardo [it:fiore-sardo], Lactosérum [en:whey], Caciocavallo [en:caciocavallo], Provolone [en:provolone]
Métabolites d'altération & filiation taxonomique	Résistance acide dépendante du glutamate (système GadABC) et production de shigatoxines (Stx1, Stx2) codées par des prophages
Substrats documentés & synonymes historiques	Hygiène irréprochable de la traite et de la litière, contrôle PCR stx/eae sur laits et fromages, flores barrières compétitives en cuve • Tolérance extrême à l'acidité (survie à pH 4.2-4.5 dans les caillés lactiques), T° de fabrication > 20 °C, contamination fécale à la traite
Sources officielles & ouvrage de référence	TaxID:562 • Le manuel clinique des pathologies laitières et fromagères (https://www.tyrodexia.com/index.html#collection)
Collections de souches de référence	DSM 30083, ATCC 11775, NCTC 9001 (EDL933 STEC : ATCC 43895)
Sécurité opérateur & références PubMed	PMID:25085216 🔎 • DOI:10.1016/j.ijfoodmicro.2014.07.011 🔎

INDEX-EXPERT™ #08 • Architecture Tyrodexia™ Palier 4

Pathogènes et bioprotection

🔎 Preuve SQLite

Bactériocines (NPClassifier) & cibles sanitaires	Flore de vigilance métagénomique (2 éch.) ; Flore de vigilance métagénomique (6 éch.) ; Flore de vigilance métagénomique (12 éch.) • Shiga toxin-producing E. coli (STEC / VTEC) pathogen ; Agent pathogène STEC / VTEC (producteur de shigatoxines) ; E. coli • Bacteria
Substrats d'isolement & matrices fromagères reliées	Fromages au lait cru à pâte molle, pâtes lactiques et pâtes pressées non cuites • Fontina [en:fontina], Mozzarella [en:mozzarella], Fiore sardo [it:fiore-sardo], Pecorino [en:pecorino], Cheddars / Cheddar cheese [en:cheddar-cheese], Provolone [en:provolone], Lactosérum / Whey [en:whey], Caciocavallo [en:caciocavallo] • Pseudomonadota (phylum) › Gammaproteobacteria (class) › Enterobacterales (order) › Enterobacteriaceae (family) › Escherichia (genus)
Barrières physico-chimiques (EST, humidité, NaCl USDA)	Fontina (EST 62.1 %, MNA 55.01 %, NaCl 2.03 g/100g) ; Mozzarella (EST 50.0 %, MNA 64.18 %, NaCl 1.23 g/100g) ; Fiore sardo (EST 33.2 %, MNA 71.06 %, NaCl 0.94 g/100g) ; Pecorino (EST 33.2 %, MNA 71.06 %, NaCl 0.94 g/100g) • "Bacillus coli" Migula 1895 • Bacillus coli • Bacterium coli commune • Bacterium coli • Enterococcus coli • Escherichia/Shigella coli
Sources officielles & ouvrage de référence	TaxID:562 • Le manuel clinique des pathologies laitières et fromagères (https://www.tyrodexia.com/index.html#collection)
Prophylaxie & références PubMed	PMID:25085216 🔎 • DOI:10.1016/j.ijfoodmicro.2014.07.011 🔎

⚠️ Vigilance Clinique de Cave & Altérations Génériques (2)

Diagnostic différentiel des altérations potentielles, mécanismes biochimiques et prophylaxie de cave (Palier 3 — Praticien) :

⚠️ Agent pathogène STEC

PATHOGENE_REGLEMENTAIRE_STRICT🔎 Preuve

Aucun défaut sensoriel systématique aux faibles doses infectieuses ; risque de syndrome hémolytique et urémique (SHU) lié aux sérogroupes O157, O26…

Consulter la fiche clinique 360° →

⚠️ VTEC (producteur de shigatoxines)

PATHOGENE_REGLEMENTAIRE_STRICT🔎 Preuve

Aucun défaut sensoriel systématique aux faibles doses infectieuses ; risque de syndrome hémolytique et urémique (SHU) lié aux sérogroupes O157, O26…

Consulter la fiche clinique 360° →

🏛️ Collections mondiales (DSM / ATCC / CBS), Synonymies NCBI, Souches & Races FAO DAD-IS

Palier 4 • Institutionnel & Microbiologiste

Synonymes & Basionymes NCBI	Bacillus coli • Bacterium coli commune • Bacterium coli • Enterococcus coli • Escherichia/Shigella coli

🔬 Souches subordonnées et sous-espèces qualifiées dans Tyrodexia™ (48) :

🧬 Génomique RefSeq, Biologie Structurale 3D (EBI SIFTS), Métagénomique (cFMD/FMBN) & PubMed

Palier 5 • Expert Absolu

Structures 3D EBI SIFTS / RCSB PDB	PDB #10EC (25 structures cristallographiques • CIF) — RCSB PDB 3D ↗
Assemblage Génomique NCBI RefSeq	RefSeq: GCA_000005845.2 • Taille: 4.64165 Mb • GC: 50.8 % • Statut: Complete Genome • BioSample: SAMN26095817 • BioProject: PRJNA806525
Littérature primaire PubMed / DOI	PMID:25085216 🔎 • DOI:10.1016/j.ijfoodmicro.2014.07.011 🔎

📊 Détections métagénomiques quantitatives (SegataLab/cFMD Cell 2024 & FoodMicrobionet) :

Organisme d'autorité
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