Palier 1 • Identité NCBI
🦠 NCBI TAXID #246432 • SPECIES • Bacteria
🔎 NCBI Certificate #246432
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Staphylococcus equorum Staphylococcus equorum Schleifer et al. 1985 emend. Jeong et al. 2013
⚡ 9 active Index-Experts™ pole(s) (O(1) routing) • 🧀 26 linked cheese matrix/matrices • 🧊 7 3D structure(s) RCSB PDB / EBI SIFTS
🌳 Phylogenetic Lineage & Associated Cheese Matrices
Palier 2 • Fromager & Sommelier
Bacillota (phylum)
› Bacilli (class)
› Caryophanales (order)
› Staphylococcaceae (family)
› Staphylococcus (genus)
🧀 Linked cheeses, dairy matrices and designations (26) :
🧀 Asiago
🧀 Blue cheese
🧀 Caciocavallo
🧀 Caciotta
🧀 Cheddar cheese
🧀 Feta
🧀 Fontal
🧀 Fontina
🧀 Hard cheeses
🧀 Gamoneu
🧀 Gorgonzolas
🧀 Gruyère
🧀 Montasio
🧀 Parmigiano-Reggiano
🧀 Pecorino
🧀 Pecorino toscano
🧀 Picon bejes tresviso
🧀 Pied-De-Vent (fromage)
🧀 Provolone
🧀 Provolone del monaco
🧀 Queso palmero
🧀 Raclette
🧀 Roquefort cheeses
🧀 Stilton cheese
🧀 Tomme cheese from cow's milk
🧀 Valtellina casera
INDEX-EXPERT™ #00 • Tyrodexia™ Cheese Core
Palier 1
Master index of cheese starters and ripening cultures
🔎 SQLite Proof
| Associated dairy & cheese matrices | Stilton cheese [en:stilton-cheese], Pied-De-Vent [qc:pied-de-vent], Gruyère [fr:gruyere], Provolone [en:provolone], Valtellina casera [it:valtellina-casera], Pecorino [en:pecorino], Fontina [en:fontina], Provolone del monaco [it:provolone-del-monaco] |
|---|---|
| Paste typology & technological evidence | Formation de la croûte naturelle subéreuse brun-orangé après le lissage (rubbing up) du cylindre ; Coque halotolérant adapté à l'air marin des Îles-de-la-Madeleine stabilisant la flore de croûte du Pied-De-Vent ; Sous-espèce halotolérante dominante des morges de pâtes pressées cuites suisses (souche Mu2 TaxID:1159488) • Bacteria • Bacillota (phylum) › Bacilli (class) › Caryophanales (order) › Staphylococcaceae (family) › Staphylococcus (genus) |
| Secondary metabolites & reference collections | GCA_016127455.1 |
| Official sources & reference book | TaxID:246432 • Tyrodexia Microbiota Authority (ref_liens_fromages_microbiote.csv) • Le grand dictionnaire du microbiome des fromages (https://www.tyrodexia.com/index.html#ouvrage) |
| Matrix TDM % & FDM % | Taille: 2.77232 Mb • GC: 33.0594 % • Staphylococcus equorum Schleifer et al. 1985 emend. Jeong et al. 2013 |
INDEX-EXPERT™ #01 • Tyrodexia™ Architecture
Palier 5
Synonyms and historical names (NCBI)
🔎 SQLite Proof
| Nomenclature concordance (NCBI) | Staphylococcus equorum (Staphylococcus equorum Schleifer et al. 1985 emend. Jeong et al. 2013) |
|---|---|
| Historical synonyms & basionyms | Bacteria |
| Taxonomic authority & reference strains | Staphylococcus equorum Schleifer et al. 1985 emend. Jeong et al. 2013 |
| Official sources & reference book | TaxID:246432 • Le grand dictionnaire du microbiome des fromages (https://www.tyrodexia.com/index.html#ouvrage) |
| Lineage & phylogenomic justification | Bacillota (phylum) › Bacilli (class) › Caryophanales (order) › Staphylococcaceae (family) › Staphylococcus (genus) |
INDEX-EXPERT™ #02 • Tyrodexia™ Architecture
Palier 2
Ecological origins and habitats
🔎 SQLite Proof
| Cheese biotope, terroirs & isolation substrates | Feta [en:feta], Asiago [en:asiago], Fontina [en:fontina], Gamoneu [es:gamoneu], Montasio [it:montasio], Raclettes / Raclette [en:raclette], Roqueforts / Roquefort cheeses [en:roquefort-cheeses], Gorgonzolas [en:gorgonzolas] • Grèce ; Italie ; Espagne — Onís ; Suisse ; France — Roquefort-sur-Soulzon |
|---|---|
| Deposited strains & reference collections | Microbiote fromager caractérisé (4 éch.) ; Microbiote fromager caractérisé (2 éch.) ; Microbiote fromager caractérisé (8 éch.) |
| Colonized matrix TDM % & FDM % | Feta (EST 44.8 %, G/S 47.99 %) ; Asiago (EST 33.2 %, G/S 18.07 %) ; Fontina (EST 62.1 %, G/S 50.08 %) ; Gamoneu (EST 10.9 %, G/S 2.48 %) • Bacteria |
| Official sources & reference book | TaxID:246432 • Le grand dictionnaire du microbiome des fromages (https://www.tyrodexia.com/index.html#ouvrage) |
INDEX-EXPERT™ #04 • Tyrodexia™ Architecture
Palier 1
Cheese families and technologies
🔎 SQLite Proof
| Technological family & associated appellations | Fromages de Grèce ; Fromages italiens ; Fromages de vache ; Fromages espagnols ; Fromages à pâte persillée français • Feta [en:feta], Asiago [en:asiago], Fontina [en:fontina], Gamoneu [es:gamoneu], Montasio [it:montasio], Raclettes / Raclette [en:raclette], Roqueforts / Roquefort cheeses [en:roquefort-cheeses], Gorgonzolas [en:gorgonzolas] |
|---|---|
| Paste/rind diagram & technological function | Microbiote fromager caractérisé (4 éch.) ; Microbiote fromager caractérisé (2 éch.) ; Microbiote fromager caractérisé (8 éch.) • Bacillota (phylum) › Bacilli (class) › Caryophanales (order) › Staphylococcaceae (family) › Staphylococcus (genus) |
| Official sources & reference book | TaxID:246432 • Le grand dictionnaire du microbiome des fromages (https://www.tyrodexia.com/index.html#ouvrage) |
| Total dry matter (TDM %) & Fat in dry matter (FDM %) | Feta (EST 44.8 %, G/S 47.99 %) ; Asiago (EST 33.2 %, G/S 18.07 %) ; Fontina (EST 62.1 %, G/S 50.08 %) ; Gamoneu (EST 10.9 %, G/S 2.48 %) • Bacteria |
| Flagship cheeses (PDO / Caseus) & PubMed studies | Feta (Appellation d'origine protégée) ; Asiago (Appellation d'origine protégée) ; Fontina (Appellation d'origine protégée) ; Gamoneu (Appellation d'origine protégée) |
INDEX-EXPERT™ #08 • Tyrodexia™ Architecture
Palier 4
Pathogens and bioprotection
🔎 SQLite Proof
| Bacteriocins (NPClassifier) & health targets | Microbiote fromager caractérisé (4 éch.) ; Microbiote fromager caractérisé (2 éch.) ; Microbiote fromager caractérisé (8 éch.) • Bacteria |
|---|---|
| Isolation substrates & linked cheese matrices | Feta [en:feta], Asiago [en:asiago], Fontina [en:fontina], Gamoneu [es:gamoneu], Montasio [it:montasio], Raclettes / Raclette [en:raclette], Roqueforts / Roquefort cheeses [en:roquefort-cheeses], Gorgonzolas [en:gorgonzolas] • Bacillota (phylum) › Bacilli (class) › Caryophanales (order) › Staphylococcaceae (family) › Staphylococcus (genus) |
| Physicochemical barriers (TDM, moisture, NaCl USDA) | Feta (EST 44.8 %, MNA 70.32 %, NaCl 2.9 g/100g) ; Asiago (EST 33.2 %, MNA 71.06 %, NaCl 0.94 g/100g) ; Fontina (EST 62.1 %, MNA 55.01 %, NaCl 2.03 g/100g) ; Gamoneu (EST 10.9 %, MNA 89.34 %, NaCl 1.2 g/100g) • Staphylococcus equorum Schleifer et al. 1985 emend. Jeong et al. 2013 |
| Official sources & reference book | TaxID:246432 • Le manuel clinique des pathologies laitières et fromagères (https://www.tyrodexia.com/index.html#collection) |
INDEX-EXPERT™ #09 • Tyrodexia™ Architecture
Palier 3
Surface interactomes and syntrophy
🔎 SQLite Proof
| Microbial consortium partners & matrices | Acidipropionibacterium acidipropionici (TaxID:1748) ; Acidipropionibacterium jensenii (TaxID:1749) ; Acidovorax facilis (TaxID:12917) ; Acinetobacter albensis (TaxID:1673609) ; Acinetobacter baumannii (TaxID:470) ; Acinetobacter johnsonii (TaxID:40214) ; Acinetobacter junii (TaxID:40215) ; Aeromonas caviae (TaxID:648) • Feta [en:feta], Asiago [en:asiago], Fontina [en:fontina], Gamoneu [es:gamoneu], Montasio [it:montasio], Raclettes / Raclette [en:raclette] |
|---|---|
| Vitamin B1–B12 cofactors (USDA) & pigments | Folic acid : 0 µg ; Vitamin E (alpha-tocopherol) : 0.18 mg ; Lutein + zeaxanthin : 0 µg ; Carotene, beta : 3 µg ; Carotene, alpha : 0 µg |
| Rind typology & ripening succession | Microbiote fromager caractérisé (4 éch.) ; Microbiote fromager caractérisé (2 éch.) ; Microbiote fromager caractérisé (8 éch.) |
| Official sources & reference book | TaxID:246432 • Le grand dictionnaire du microbiome des fromages (https://www.tyrodexia.com/index.html#ouvrage) |
INDEX-EXPERT™ #10 • Tyrodexia™ Architecture
Palier 1
Terroirs and protected designations (PDO/PGI)
🔎 SQLite Proof
| Linked cheeses & dairy basins of origin | Feta [en:feta], Asiago [en:asiago], Fontina [en:fontina], Gamoneu [es:gamoneu], Montasio [it:montasio], Raclettes / Raclette [en:raclette], Roqueforts / Roquefort cheeses [en:roquefort-cheeses], Gorgonzolas [en:gorgonzolas] • Grèce ; Italie ; Espagne — Onís ; Suisse ; France — Roquefort-sur-Soulzon |
|---|---|
| Official designations (PDO/PGI) & rinds | Feta (Appellation d'origine protégée) ; Asiago (Appellation d'origine protégée) ; Fontina (Appellation d'origine protégée) ; Gamoneu (Appellation d'origine protégée) ; Montasio (Appellation d'origine protégée) • Bacillota (phylum) › Bacilli (class) › Caryophanales (order) › Staphylococcaceae (family) › Staphylococcus (genus) |
| Terroir cheesemakers & official awards | Staphylococcus equorum Schleifer et al. 1985 emend. Jeong et al. 2013 |
| Official sources & reference book | TaxID:246432 • Le grand dictionnaire du microbiome des fromages (https://www.tyrodexia.com/index.html#ouvrage) |
| Reference collections, BioSample & BioProject | SAMN23026963 • PRJNA764004 |
INDEX-EXPERT™ #11 • Tyrodexia™ Architecture
Palier 5
Volatilome and aromatic profiles
🔎 SQLite Proof
| Bridge aroma compounds (FlavorGraph) & volatiles | trimethylamine ; salicylic acid ; propionic acid ; phenylacetaldehyde ; phenol ; palmitic acid ; oleic acid ; octanoic acid • Feta [en:feta], Asiago [en:asiago], Fontina [en:fontina], Gamoneu [es:gamoneu], Montasio [it:montasio], Raclettes / Raclette [en:raclette] |
|---|---|
| Lipid & amino acid aroma precursors (USDA) | Cholestérol : 89 mg ; Fatty acids, total saturated : 13.3 g ; SFA 16:0 : 4.75 g ; Fatty acids, total monounsaturated : 4.62 g ; Glutamic acid : 2.42 g ; Leucine : 1.4 g ; Proline : 1.38 g • Microbiote fromager caractérisé (4 éch.) ; Microbiote fromager caractérisé (2 éch.) ; Microbiote fromager caractérisé (8 éch.) • Bacillota (phylum) › Bacilli (class) › Caryophanales (order) › Staphylococcaceae (family) › Staphylococcus (genus) |
| Gastronomic pairings & sensory affinities | Baby Spinach ; Cucumber |
| Official sources & reference book | TaxID:246432 • Le référentiel du volatilome fromager et de la chémo-sensorialité (https://www.tyrodexia.com/index.html#collection) |
INDEX-EXPERT™ #12 • Tyrodexia™ Architecture
Palier 2
Affinage gestures and cellar care
🔎 SQLite Proof
| Rind management, cellar care & matrices | Microbiote fromager caractérisé (4 éch.) ; Microbiote fromager caractérisé (2 éch.) ; Microbiote fromager caractérisé (8 éch.) • Feta [en:feta], Asiago [en:asiago], Fontina [en:fontina], Gamoneu [es:gamoneu], Montasio [it:montasio], Raclettes / Raclette [en:raclette], Roqueforts / Roquefort cheeses [en:roquefort-cheeses], Gorgonzolas [en:gorgonzolas] |
|---|---|
| Moisture balance, dry matter & salting (USDA) | Feta (EST 44.8 %, NaCl 2.9 g/100g) ; Asiago (EST 33.2 %, NaCl 0.94 g/100g) ; Fontina (EST 62.1 %, NaCl 2.03 g/100g) ; Gamoneu (EST 10.9 %, NaCl 1.2 g/100g) • Bacteria |
| Ripening cellars, cheesemakers & regions | Grèce ; Italie ; Espagne — Onís ; Suisse ; France — Roquefort-sur-Soulzon |
| Official sources & reference book | TaxID:246432 • Atlas de l'ingénierie fromagère et de la thermodynamique d'affinage (https://www.tyrodexia.com/index.html#collection) |
🏛️ Global Culture Collections (DSM / ATCC / CBS), NCBI Synonyms, Strains & FAO DAD-IS Breeds
Palier 4 • Institutionnel & Microbiologiste
🔬 Subordinate strains and subspecies qualified in Tyrodexia™ (4) :
🧬 RefSeq Genomics, 3D Structural Biology (EBI SIFTS), Metagenomics (cFMD/FMBN) & PubMed
Palier 5 • Expert Absolu| EBI SIFTS / RCSB PDB 3D Structures | PDB #5X2J (7 crystallographic structures • CIF) — RCSB PDB 3D ↗ |
|---|---|
| NCBI RefSeq Genomic Assembly | RefSeq: GCA_016127455.1 • Taille: 2.77232 Mb • GC: 33.0594 % • Statut: Complete Genome • BioSample: SAMN23026963 • BioProject: PRJNA764004 |
📊 Quantitative Metagenomic Detections (SegataLab/cFMD Cell 2024 & FoodMicrobionet) :
📊 SegataLab/cFMD (Cell 2024) :
en:cheeses (n=368)
📊 SegataLab/cFMD (Cell 2024) :
en:blue-cheese (n=12)
📊 SegataLab/cFMD (Cell 2024) :
en:fontina (n=8)
📊 SegataLab/cFMD (Cell 2024) :
en:tomme-cheese-from-cow-s-milk (n=8)
📊 SegataLab/cFMD (Cell 2024) :
en:provolone (n=6)
📊 SegataLab/cFMD (Cell 2024) :
en:caciocavallo (n=6)
📊 SegataLab/cFMD (Cell 2024) :
en:hard-cheeses (n=6)
📊 SegataLab/cFMD (Cell 2024) :
en:pecorino (n=4)
📊 SegataLab/cFMD (Cell 2024) :
it:montasio (n=4)
📊 SegataLab/cFMD (Cell 2024) :
en:feta (n=4)
📊 SegataLab/cFMD (Cell 2024) :
en:cheddar-cheese (n=4)
📊 SegataLab/cFMD (Cell 2024) :
it:valtellina-casera (n=2)
📊 SegataLab/cFMD (Cell 2024) :
it:provolone-del-monaco (n=2)
📊 SegataLab/cFMD (Cell 2024) :
en:fontal (n=2)
📊 SegataLab/cFMD (Cell 2024) :
it:pecorino-toscano (n=2)
📊 SegataLab/cFMD (Cell 2024) :
en:gorgonzolas (n=2)
📊 SegataLab/cFMD (Cell 2024) :
en:asiago (n=2)
📊 SegataLab/cFMD (Cell 2024) :
it:caciotta (n=2)
📊 SegataLab/cFMD (Cell 2024) :
en:raclette (n=2)
📊 SegataLab/cFMD (Cell 2024) :
en:parmigiano-reggiano (n=2)
📊 SegataLab/cFMD (Cell 2024) :
es:picon-bejes-tresviso (n=2)
📊 SegataLab/cFMD (Cell 2024) :
es:gamoneu (n=2)
📊 SegataLab/cFMD (Cell 2024) :
es:queso-palmero (n=2)
📊 SegataLab/cFMD (Cell 2024) :
en:roquefort-cheeses (n=2)